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[求助] HREMD怎么分析数据？

我对某个酶体系用AMBER做了二维的QM/MM-HREMD，两个维度是两步反应的反应坐标，exchange的是沿着两个反应坐标设置的不同的biasing potential，目的是做出二维PMF然后研究反应路径。之前对同样的体系做了二维umbrella sampling（没有replica exchange），用2D-WHAM分析输出的.TRACE文件得到了二维PMF。HREMD的模拟也输出了.TRACE文件，我用同样的方法得到的二维PMF和之前的差别不大。两个维度上exchange成功率分别是14%和9%。
请问对于HREMD模拟的结果，要做出PMF是否应该用其他方法？如果我的做法正确的话，既然纯umbrella sampling和umbrella sampling+replica exchange的结果差不多，那做REMD的意义在哪里呢？

本人以前主要做量化计算，最近才开始做一些MD，望高手指教！

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理论与计算化学，化学物理，生物物理

1楼 2014-10-02 03:41:37

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