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敏sunflower金虫 (小有名气)
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[求助]
计算扩散系数 已有2人参与
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初学模拟，急需各位大侠的帮助！ 我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数，但是遇到了几个问题，想向各位请教一下 模拟过程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析 （1）做完第5步NVT动力学，分析得到MSD-t曲线，从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学，分析得到的扩散系数有时相差很大，这是什么原因那？ （2）有人说是扩散系数对初始结构很敏感，但重新建模之后进行上述1-5步模拟，发现得到的扩散系数也相差很大 面对上述情况，怎样取扩散系数的值那？   |
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lsloneil
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- 管辖: 分子模拟
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会编程么？如果会编程，写个小程序读取轨迹文件，然后计算MSD，一两百行差不多搞定。 不会编程的话，可以借助某些MD轨迹分析代码，比如MDAnaylisis https://mdanalysis.googlecode.com/git/package/doc/html/index.html 可能需要翻-墙 注意MDAnalysis无法读取VASP轨迹文件格式 https://mdanalysis.googlecode.co ... nates/init.html#id1 可能需要用个工具把你的VASP轨迹文件转成MDAnalysis可以读取的文件（比如xyz格式），然后调用MDAnalysis里MSD分析的模块，这里有示例 http://www.mdanalysis.org/mdanal ... /waterdynamics.html MDAnalysis是基于python的，使用之前要在电脑上装python VASP毕竟还是一个第一性原理软件，所做的MD应该主要也是ab initio MD。ab inito MD的缺点是轨迹都很短（大多都几十个或100个ps），所以能分析的MSD时间段并不长，充其量也就算个30-50 ps的MSD。 |
20楼2015-12-24 11:14:17
感谢参与，应助指数 +1
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2楼2014-10-01 07:14:49
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敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
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3楼2014-10-01 07:22:17
敏sunflower
金虫 (小有名气)
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- 专业: 化学反应工程
4楼2014-10-01 09:21:14