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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 计算扩散系数
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[求助] 计算扩散系数 已有2人参与

初学模拟，急需各位大侠的帮助！
我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数，但是遇到了几个问题，想向各位请教一下
模拟过程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析
（1）做完第5步NVT动力学，分析得到MSD-t曲线，从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学，分析得到的扩散系数有时相差很大，这是什么原因那？
（2）有人说是扩散系数对初始结构很敏感，但重新建模之后进行上述1-5步模拟，发现得到的扩散系数也相差很大
面对上述情况，怎样取扩散系数的值那？
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1楼 2014-09-30 16:53:10
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Awcse

新虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by lsloneil at 2015-12-22 23:33:22
可以，前提是你有合适的力场。

锂离子在电极材料中的扩散和其他普通离子在溶液中的扩散的最大区别是：锂离子的扩散实质上是化学反应。在这种情况下，需要专门的力场（反应性力场或者根据量子化学计算拟合的力场 ...

感谢您的回复，我做的是第一性原理的vasp，模拟的体系较小，现在遇到了生成的数据不会处理的问题，XDATCAR保留了每一步模拟的结构我想根据这个结构的数据求出他的MSD不知道您是否知道有哪些软件可以做这个事情
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19楼2015-12-24 08:52:46
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smutao

禁虫 (著名写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
2楼2014-10-01 07:14:49
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
本帖内容被屏蔽
3楼2014-10-01 07:22:17
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by smutao at 2014-10-01 07:22:17
请见此处
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7330890&fpage=1

希望对你有用

之前看过的，立场参数的话，MS软件无法修改，至于动力学时间，我是用了300psNVT来平衡体系，再进行600psNVT收集数据，从输出的能量图来看，已经达到平衡，这样应该就可以排除动力学时间太短的问题了吧？
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4楼2014-10-01 09:21:14
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