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敏sunflower

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[求助] 计算扩散系数已有2人参与

初学模拟，急需各位大侠的帮助！
我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数，但是遇到了几个问题，想向各位请教一下
模拟过程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析
（1）做完第5步NVT动力学，分析得到MSD-t曲线，从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学，分析得到的扩散系数有时相差很大，这是什么原因那？
（2）有人说是扩散系数对初始结构很敏感，但重新建模之后进行上述1-5步模拟，发现得到的扩散系数也相差很大
面对上述情况，怎样取扩散系数的值那？

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1楼 2014-09-30 16:53:10

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敏sunflower

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引用回帖:

12楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-11-24 08:57:11
力场参数是可以修改的，关键你要怎么改得有依据呀，不能为了吻合实验数据瞎改呀，模拟数据与实验数据不吻合很正常呀，模拟中物质所处的条件与真实实验的条件不完全一样...

你好，我现在发现建立模型的初始密度对扩散系数影响很大。看到很多文章上，为防止建立初始模型时聚合物链段过度堆叠，将初始密度设置为远小于实际密度的值，然后经NPT不断增大密度，至密度达到平衡。我在建立模型时也是这样做的。平衡时密度比实验值小，误差在3%。NPT是压力设置为1atm，即：0.0001GPa。最后算的扩散系数是实验扩散系数的20-40倍。
但最近从新做了一下，将NPT的压力增大为0.25GPa时，平衡密度值比实验密度稍大，误差也在3%。但通过这个模型计算的扩散系数与实验值较吻合，是实验值的10倍以内。
我想请教你的是，我在建模型时，将NPT的压力设置为远大于1atm是否合理呐？