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敏sunflower金虫 (小有名气)
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计算扩散系数 已有2人参与
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初学模拟，急需各位大侠的帮助！ 我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数，但是遇到了几个问题，想向各位请教一下 模拟过程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析 （1）做完第5步NVT动力学，分析得到MSD-t曲线，从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学，分析得到的扩散系数有时相差很大，这是什么原因那？ （2）有人说是扩散系数对初始结构很敏感，但重新建模之后进行上述1-5步模拟，发现得到的扩散系数也相差很大 面对上述情况，怎样取扩散系数的值那？   |
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赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
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12楼2014-11-24 08:57:11
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2楼2014-10-01 07:14:49
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敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
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3楼2014-10-01 07:22:17
敏sunflower
金虫 (小有名气)
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4楼2014-10-01 09:21:14