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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » 第一次接触PBS新人求助..
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酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)

[求助] 第一次接触PBS新人求助..已有1人参与

第一次接触PBS，提交的任务想要实现一个这样的功能：
调用集群中的Matlab，然后使用Matlab调用一个名字叫做EnKF.m的函数。
小弟是做数据同化的，所以EnKF.m这个函数里面包含着100个海洋模型的调用...
不知道计算量不同，pbs里面的语句也会有变化，所以也列出来了。
我自己根据网上的材料，参考改写的程序如下：
#!/bin/bash -x
#PBS -N EnKF
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=10:00:00

cd /lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM

nohup matlab -nojvm -nodisplay -nosplash -nodesktop < EnKF.m 1>running.log 2>running.err

提示的错误信息是：
qsub: Job rejected by all possible destinations
现在想要求高手帮忙修改... 比较着急，再加上有点外行，让大家见笑了。

补充集群返回的running.error提示我：
{???  Main directory doesnot exist:

}
{??? Undefined function or variable 'create_kfparamstruct'.
}
其中的create_kfparamstruct是我的一个m函数，不知道为什么好像调用不了...
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.....
1楼2014-09-30 14:30:18
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:20:35
Main directory doesnot exist

PBS 似乎是找不到你的目錄
/lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM
檢查看看此目錄是否存在
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2楼2014-10-01 15:34:33
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酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jpchou at 2014-10-01 15:34:33
Main directory doesnot exist

PBS 似乎是找不到你的目錄
/lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM
檢查看看此目錄是否存在

嗯 是找不到目录 我在把windows环境下的m文件转过来之后，linux系统有一些函数用不了，其中的 Main directory 就是用local找不到的文件路径
谢谢回答了~
另外想要问一下上面那个pbs的语言会不会哪里有问题?
多谢指教啦！
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.....
3楼2014-10-02 09:33:47
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jpchou

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+5, 谢谢指导 2014-10-02 21:50:37
酱油哥男二号: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-10-04 13:37:28
酱油哥男二号: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-10-15 17:00:46
就我所知
不同機器上 PBE 設定可根據不同人而有些許不同
在你的檔案內容看?�
#!/bin/bash -x
#PBS -N EnKF
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=10:00:00
你似乎沒有指定 queue
我所接觸的機器，目前為止
在 PBE 設定上，都需要指定 queue
不同的 queue 會有不同的用途
(有些 queue 是設定給跑很久的JOB，有些queue 是設定給大記憶體的 JOB)
也就是說JOB檔案內應該要有一行是給定 queue 的名字
像是 #PBS -q  long   這個就是給長時間的JOB (long)
       #PBS -q bigmem  這個就是給大記億體的JOB (bigmem)
所以你也許須要了解一下你目前用的機器是否有�?似的設定
(這些名字是由安裝者所給定)

當然，有些機器是只有一種 queue
那你目前的內容就應該不會有問題
如果機器上有兩種以上的 queue，
你的內容可能又會被系統退回去
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4楼2014-10-02 15:13:30
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酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jpchou at 2014-10-02 15:13:30
就我所知
不同機器上 PBE 設定可根據不同人而有些許不同
在你的檔案內容看?�
#!/bin/bash -x
#PBS -N EnKF
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=10:00:00
你似乎沒有指定 queue
我所接觸的機器，目前為 ...

想要请教一个问题，我现在已经通过pbs上传任务成功运行了。但是集群单个节点，单个CPU的计算能力有限，如果我想要将100个海洋模型分别分配到比如说4个核，32个CPU中去运行，是否有语言可以强制实现呢?
我是用的中山大学的集群，集群默认只在一个核下面计算...计算速度实在太慢了，所以才想要去强制分配.. 刚刚也问了集群那边，正在等回复，想要多咨询几个人~ 麻烦您了！
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.....
5楼2014-10-14 15:30:51
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 酱油哥男二号 at 2014-10-14 15:30:51
想要请教一个问题，我现在已经通过pbs上传任务成功运行了。但是集群单个节点，单个CPU的计算能力有限，如果我想要将100个海洋模型分别分配到比如说4个核，32个CPU中去运行，是否有语言可以强制实现呢?
我是用的中 ...

修改程式，用 MPICH ，可�?現但工程浩大
修改程式，用 OpenMP，工程相對小許多~可試試

就我所知
不修改程式是不可能地.........
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6楼2014-10-14 15:41:11
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酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jpchou at 2014-10-14 15:41:11
修改程式，用 MPICH ，可�?現但工程浩大
修改程式，用 OpenMP，工程相對小許多~可試試

就我所知
不修改程式是不可能地............

谢谢了 我去试试 …… 现在换到计算能力更强的机群上去了 大概一个周可以运行出结果 但是还是想分配cpu试试

[ 发自小木虫客户端 ]
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.....
7楼2014-10-15 17:02:37
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酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jpchou at 2014-10-14 15:41:11
修改程式，用 MPICH ，可�?現但工程浩大
修改程式，用 OpenMP，工程相對小許多~可試試

就我所知
不修改程式是不可能地............

师兄 你好 我想请教一个MPI并行的问题可以吗..
因为我在做数据同化，需要同时运行100个算例，这几天试图用MPI来并行一个for循环，最终达到的目的是每次循环调用一个算例，分配到一个CPU下面去。
语句大概如下：
MPI_Init( &argc, &argv );
MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, &myid );
MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &numprocs );
for i = 1:5
system(test(i))
end
MPI_Finalize();
但是最后的出来的结果是并没能同时运行test（1）、test（2）、...、test（5）
而是将test（1）分配到了5个线程下面去运行了..
请问错在哪里，应该怎么修改啊？
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.....
8楼2014-10-21 21:00:18
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jpchou

专家顾问 (著名写手)

這是什麼 @_@
C !!??
我只會 Fortran ...................
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9楼2014-10-21 21:40:48
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酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jpchou at 2014-10-21 21:40:48

這是什麼 @_@
C !!??
我只會 Fortran ...................

嘿嘿 是的 已经解决了 不应该这样给循环

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10楼2014-10-22 11:16:35
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