24小时热门版块排行榜    

查看: 2447  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)

[求助] 第一次接触PBS新人求助.. 已有1人参与

第一次接触PBS,提交的任务想要实现一个这样的功能:
调用集群中的Matlab,然后使用Matlab调用一个名字叫做EnKF.m的函数。
小弟是做数据同化的,所以EnKF.m这个函数里面包含着100个海洋模型的调用...
不知道计算量不同,pbs里面的语句也会有变化,所以也列出来了。
我自己根据网上的材料,参考改写的程序如下:
#!/bin/bash -x
#PBS -N EnKF
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=10:00:00

cd /lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM

nohup matlab -nojvm -nodisplay -nosplash -nodesktop < EnKF.m 1>running.log 2>running.err

提示的错误信息是:
qsub: Job rejected by all possible destinations
现在想要求高手帮忙修改... 比较着急,再加上有点外行,让大家见笑了。

补充集群返回的running.error提示我:
{???  Main directory doesnot exist:

}
{??? Undefined function or variable 'create_kfparamstruct'.
}
其中的create_kfparamstruct是我的一个m函数,不知道为什么好像调用不了...
回复此楼
.....
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)

???????:
6?: Originally posted by jpchou at 2014-10-14 15:41:11
????????? MPICH ??????F????????
????????? OpenMP??????????С?S??~????

???????
???????????????............

??? ??? ??????????MPI???е??????????..
???????????????????????????100?????????????????MPI?????????for???????????????????????????????????????????CPU???????
??????????
MPI_Init( &argc, &argv );
MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, &myid );
MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &numprocs );
for i = 1:5
system(test(i))
end
MPI_Finalize();
???????????????????????????test??1????test??2????...??test??5??
?????test??1????????5????????????????..
???????????????????????
.....
8楼2014-10-21 21:00:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

jpchou

专家顾问 (著名写手)

★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:20:35
Main directory doesnot exist

PBS 似乎是找不到你的目錄
/lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM
檢查看看此目錄是否存在
2楼2014-10-01 15:34:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jpchou at 2014-10-01 15:34:33
Main directory doesnot exist

PBS 似乎是找不到你的目錄
/lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM
檢查看看此目錄是否存在

嗯 是找不到目录 我在把windows环境下的m文件转过来之后,linux系统有一些函数用不了,其中的 Main directory 就是用local找不到的文件路径
谢谢回答了~
另外想要问一下上面那个pbs的语言会不会哪里有问题?
多谢指教啦!
.....
3楼2014-10-02 09:33:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jpchou

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+5, 谢谢指导 2014-10-02 21:50:37
酱油哥男二号: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-10-04 13:37:28
酱油哥男二号: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-10-15 17:00:46
???????
????C???? PBE ?O???????????????Щ?S???
?????n?????????
#!/bin/bash -x
#PBS -N EnKF
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=10:00:00
??????]????? queue
???????|??C?????????
?? PBE ?O????????????? queue
????? queue ???в???????
(??Щ queue ???O???o?????JOB????Щqueue ???O???o??????w?? JOB)
??????fJOB?n??????????????o?? queue ??????
???? #PBS -q  long   ?@??????o?L?r?g??JOB (long)
       #PBS -q bigmem  ?@??????o????|?w??JOB (bigmem)
????????S???????????????C?????????????O??
(?@Щ??????????b?????o??)

???????Щ?C?????????N queue
??????????????????????}
????C???????N????? queue??
????????????????y????
4楼2014-10-02 15:13:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 3/150 2026-08-31 22:23 by o3EMxHUAQDtS
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 3/150 2026-08-31 22:14 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
请填处理意见