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酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)

[求助] 第一次接触PBS新人求助.. 已有1人参与

第一次接触PBS,提交的任务想要实现一个这样的功能:
调用集群中的Matlab,然后使用Matlab调用一个名字叫做EnKF.m的函数。
小弟是做数据同化的,所以EnKF.m这个函数里面包含着100个海洋模型的调用...
不知道计算量不同,pbs里面的语句也会有变化,所以也列出来了。
我自己根据网上的材料,参考改写的程序如下:
#!/bin/bash -x
#PBS -N EnKF
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=10:00:00

cd /lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM

nohup matlab -nojvm -nodisplay -nosplash -nodesktop < EnKF.m 1>running.log 2>running.err

提示的错误信息是:
qsub: Job rejected by all possible destinations
现在想要求高手帮忙修改... 比较着急,再加上有点外行,让大家见笑了。

补充集群返回的running.error提示我:
{???  Main directory doesnot exist:

}
{??? Undefined function or variable 'create_kfparamstruct'.
}
其中的create_kfparamstruct是我的一个m函数,不知道为什么好像调用不了...
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.....
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jpchou

专家顾问 (著名写手)

★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:20:35
Main directory doesnot exist

PBS 似乎是找不到你的目錄
/lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM
檢查看看此目錄是否存在
2楼2014-10-01 15:34:33
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酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jpchou at 2014-10-01 15:34:33
Main directory doesnot exist

PBS 似乎是找不到你的目錄
/lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM
檢查看看此目錄是否存在

嗯 是找不到目录 我在把windows环境下的m文件转过来之后,linux系统有一些函数用不了,其中的 Main directory 就是用local找不到的文件路径
谢谢回答了~
另外想要问一下上面那个pbs的语言会不会哪里有问题?
多谢指教啦!
.....
3楼2014-10-02 09:33:47
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jpchou

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+5, 谢谢指导 2014-10-02 21:50:37
酱油哥男二号: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-10-04 13:37:28
酱油哥男二号: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-10-15 17:00:46
???????
????C???? PBE ?O???????????????Щ?S???
?????n?????????
#!/bin/bash -x
#PBS -N EnKF
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=10:00:00
??????]????? queue
???????|??C?????????
?? PBE ?O????????????? queue
????? queue ???в???????
(??Щ queue ???O???o?????JOB????Щqueue ???O???o??????w?? JOB)
??????fJOB?n??????????????o?? queue ??????
???? #PBS -q  long   ?@??????o?L?r?g??JOB (long)
       #PBS -q bigmem  ?@??????o????|?w??JOB (bigmem)
????????S???????????????C?????????????O??
(?@Щ??????????b?????o??)

???????Щ?C?????????N queue
??????????????????????}
????C???????N????? queue??
????????????????y????
4楼2014-10-02 15:13:30
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酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)

???????:
4?: Originally posted by jpchou at 2014-10-02 15:13:30
???????
????C???? PBE ?O???????????????Щ?S???
?????n?????????
#!/bin/bash -x
#PBS -N EnKF
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=10:00:00
??????]????? queue
???????|??C???????? ...

?????????????????????????pbs?????????????????????????????????CPU????????????????????????100???????????????????4?????32??CPU??????У??????????????????????
????????????????????????????????????????...???????????????????????????????.. ?????????????????????????????????????~ ?鷳?????
.....
5楼2014-10-14 15:30:51
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jpchou

专家顾问 (著名写手)

???????:
5?: Originally posted by ??????ж??? at 2014-10-14 15:30:51
?????????????????????????pbs?????????????????????????????????CPU????????????????????????100???????????????????4?????32??CPU??????У??????????????????????
????????? ...

????????? MPICH ??????F????????
????????? OpenMP??????????С?S??~????

???????
???????????????.........
6楼2014-10-14 15:41:11
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酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)

???????:
6?: Originally posted by jpchou at 2014-10-14 15:41:11
????????? MPICH ??????F????????
????????? OpenMP??????????С?S??~????

???????
???????????????............

лл?? ??????? ???? ??????????????????????????? ??????????????г???? ????????????cpu????

[ ????С??????? ]
.....
7楼2014-10-15 17:02:37
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酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)

???????:
6?: Originally posted by jpchou at 2014-10-14 15:41:11
????????? MPICH ??????F????????
????????? OpenMP??????????С?S??~????

???????
???????????????............

??? ??? ??????????MPI???е??????????..
???????????????????????????100?????????????????MPI?????????for???????????????????????????????????????????CPU???????
??????????
MPI_Init( &argc, &argv );
MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, &myid );
MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &numprocs );
for i = 1:5
system(test(i))
end
MPI_Finalize();
???????????????????????????test??1????test??2????...??test??5??
?????test??1????????5????????????????..
???????????????????????
.....
8楼2014-10-21 21:00:18
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jpchou

专家顾问 (著名写手)


這是什麼 @_@
C !!??
我只會 Fortran ...................
9楼2014-10-21 21:40:48
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酱油哥男二号

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by jpchou at 2014-10-21 21:40:48

這是什麼 @_@
C !!??
我只會 Fortran ...................

嘿嘿 是的 已经解决了 不应该这样给循环

[ 发自小木虫客户端 ]
.....
10楼2014-10-22 11:16:35
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