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酱油哥男二号

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[求助] 第一次接触PBS新人求助.. 已有1人参与

第一次接触PBS，提交的任务想要实现一个这样的功能：
调用集群中的Matlab，然后使用Matlab调用一个名字叫做EnKF.m的函数。
小弟是做数据同化的，所以EnKF.m这个函数里面包含着100个海洋模型的调用...
不知道计算量不同，pbs里面的语句也会有变化，所以也列出来了。
我自己根据网上的材料，参考改写的程序如下：
#!/bin/bash -x
#PBS -N EnKF
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=10:00:00

cd /lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM

nohup matlab -nojvm -nodisplay -nosplash -nodesktop < EnKF.m 1>running.log 2>running.err

提示的错误信息是：
qsub: Job rejected by all possible destinations
现在想要求高手帮忙修改... 比较着急，再加上有点外行，让大家见笑了。

补充集群返回的running.error提示我：
{??? Main directory doesnot exist:

}
{??? Undefined function or variable 'create_kfparamstruct'.
}
其中的create_kfparamstruct是我的一个m函数，不知道为什么好像调用不了...

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.....

1楼 2014-09-30 14:30:18

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jpchou

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★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:20:35

Main directory doesnot exist

PBS 似乎是找不到你的目錄
/lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM
檢查看看此目錄是否存在

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2楼2014-10-01 15:34:33

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酱油哥男二号

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引用回帖:

2楼: Originally posted by jpchou at 2014-10-01 15:34:33
Main directory doesnot exist

PBS 似乎是找不到你的目錄
/lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM
檢查看看此目錄是否存在

嗯是找不到目录我在把windows环境下的m文件转过来之后，linux系统有一些函数用不了，其中的 Main directory 就是用local找不到的文件路径
谢谢回答了~
另外想要问一下上面那个pbs的语言会不会哪里有问题?
多谢指教啦！

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3楼2014-10-02 09:33:47

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+5, 谢谢指导 2014-10-02 21:50:37
酱油哥男二号: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-10-04 13:37:28
酱油哥男二号: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-10-15 17:00:46

???????
????C???? PBE ?O???????????????Щ?S???
?????n?????????
#!/bin/bash -x
#PBS -N EnKF
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=10:00:00
??????]????? queue
???????|??C?????????
?? PBE ?O????????????? queue
????? queue ???в???????
(??Щ queue ???O???o?????JOB????Щqueue ???O???o??????w?? JOB)
??????fJOB?n??????????????o?? queue ??????
???? #PBS -q long ?@??????o?L?r?g??JOB (long)
#PBS -q bigmem ?@??????o????|?w??JOB (bigmem)
????????S???????????????C?????????????O??
(?@Щ??????????b?????o??)

???????Щ?C?????????N queue
??????????????????????}
????C???????N????? queue??
????????????????y????

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4楼2014-10-02 15:13:30

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4?: Originally posted by jpchou at 2014-10-02 15:13:30
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????C???? PBE ?O???????????????Щ?S???
?????n?????????
#!/bin/bash -x
#PBS -N EnKF
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=10:00:00
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5楼2014-10-14 15:30:51

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5?: Originally posted by ??????ж??? at 2014-10-14 15:30:51
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????????? MPICH ??????F????????
????????? OpenMP??????????С?S??~????

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6楼2014-10-14 15:41:11

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6?: Originally posted by jpchou at 2014-10-14 15:41:11
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7楼2014-10-15 17:02:37

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???????:

6?: Originally posted by jpchou at 2014-10-14 15:41:11
????????? MPICH ??????F????????
????????? OpenMP??????????С?S??~????

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??? ??? ??????????MPI???е??????????..
???????????????????????????100?????????????????MPI?????????for???????????????????????????????????????????CPU???????
??????????
MPI_Init( &argc, &argv );
MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, &myid );
MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &numprocs );
for i = 1:5
system(test(i))
end
MPI_Finalize();
???????????????????????????test??1????test??2????...??test??5??
?????test??1????????5????????????????..
???????????????????????

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8楼2014-10-21 21:00:18

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