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第一次接触PBS新人求助..已有1人参与
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第一次接触PBS，提交的任务想要实现一个这样的功能： 调用集群中的Matlab，然后使用Matlab调用一个名字叫做EnKF.m的函数。 小弟是做数据同化的，所以EnKF.m这个函数里面包含着100个海洋模型的调用... 不知道计算量不同，pbs里面的语句也会有变化，所以也列出来了。 我自己根据网上的材料，参考改写的程序如下： #!/bin/bash -x #PBS -N EnKF #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=10:00:00 cd /lustre/users/eeslsy/LB/Assim3D2014v6/ECOM nohup matlab -nojvm -nodisplay -nosplash -nodesktop < EnKF.m 1>running.log 2>running.err 提示的错误信息是： qsub: Job rejected by all possible destinations 现在想要求高手帮忙修改... 比较着急，再加上有点外行，让大家见笑了。  补充集群返回的running.error提示我： {??? Main directory doesnot exist: } {??? Undefined function or variable 'create_kfparamstruct'. } 其中的create_kfparamstruct是我的一个m函数，不知道为什么好像调用不了... |
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5楼2014-10-14 15:30:51
2楼2014-10-01 15:34:33
3楼2014-10-02 09:33:47
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+5, 谢谢指导 2014-10-02 21:50:37
酱油哥男二号: 金币+30, ★★★很有帮助 2014-10-04 13:37:28
酱油哥男二号: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-10-15 17:00:46
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就我所知 不同機器上 PBE 設定可根據不同人而有些許不同 在你的檔案內容看?� #!/bin/bash -x #PBS -N EnKF #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=10:00:00 你似乎沒有指定 queue 我所接觸的機器，目前為止 在 PBE 設定上，都需要指定 queue 不同的 queue 會有不同的用途 (有些 queue 是設定給跑很久的JOB，有些queue 是設定給大記憶體的 JOB) 也就是說JOB檔案內應該要有一行是給定 queue 的名字 像是 #PBS -q long 這個就是給長時間的JOB (long) #PBS -q bigmem 這個就是給大記億體的JOB (bigmem) 所以你也許須要了解一下你目前用的機器是否有�?似的設定 (這些名字是由安裝者所給定) 當然，有些機器是只有一種 queue 那你目前的內容就應該不會有問題 如果機器上有兩種以上的 queue， 你的內容可能又會被系統退回去 |
4楼2014-10-02 15:13:30