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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请教一下量化计算大约3000个原子的多肽体系
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幻亦真

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请教一下量化计算大约3000个原子的多肽体系 已有3人参与

我要计算的多肽体系大约3000个原子， 包含C H O N S这五种原子。 因为体系太大，所以要使用oniom方法去计算。但是高层（high level）也有300个原子。原子太多，计算不动啊。请教高手~~
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1楼 2014-09-30 11:35:18
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿
引用回帖:
7楼: Originally posted by yongleli at 2014-10-05 13:57:50
我们科研人员思维要不断更新。
现在大体系的量化计算发展很快。比如Greg Voth, John Z H Zhang这两派人过去做过的分块量化计算方法最近几年又有新发展。Todd Martinez弄出来的计算软件可以做蛋白质的直接QM计算（ ...

你说的没错，其实我们组也做这些。关键是，这样的方法对蛋白质/核酸这样的体系描述的精确性未必高于像amber这样专门为生物大分子优化的分子力场，何况速度还慢很多。如果没有化学反应或者涉及到极化率之类的计算的话，我认为至少现阶段分子力学仍然是较好的选择
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理论与计算化学，化学物理，生物物理
8楼2014-10-06 10:09:42
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+1 2014-10-01 23:55:00
幻亦真: 金币+1 2014-10-03 18:26:35
有化学反应吗？没有的话用分子力学吧
赞一下(1人) 回复此楼
理论与计算化学，化学物理，生物物理
2楼2014-10-01 00:16:33
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
幻亦真: 金币+1 2014-10-03 18:26:43
请使用Todd Martinez的程序
http://www.petachem.com/products.html
前提是你有GPU
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3楼2014-10-02 04:50:59
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dreamyeye

木虫 (著名写手)
听说现在超算中心的机群都能处理几亿个原子的体系了，是真的吗？
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4楼2014-10-03 16:18:45
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