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幻亦真

铜虫 (初入文坛)

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[求助] 请教一下量化计算大约3000个原子的多肽体系已有3人参与

我要计算的多肽体系大约3000个原子，包含C H O N S这五种原子。因为体系太大，所以要使用oniom方法去计算。但是高层（high level）也有300个原子。原子太多，计算不动啊。请教高手~~

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1楼 2014-09-30 11:35:18

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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

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专业: 理论和计算化学

引用回帖:

7楼: Originally posted by yongleli at 2014-10-05 13:57:50
我们科研人员思维要不断更新。
现在大体系的量化计算发展很快。比如Greg Voth, John Z H Zhang这两派人过去做过的分块量化计算方法最近几年又有新发展。Todd Martinez弄出来的计算软件可以做蛋白质的直接QM计算（ ...

你说的没错，其实我们组也做这些。关键是，这样的方法对蛋白质/核酸这样的体系描述的精确性未必高于像amber这样专门为生物大分子优化的分子力场，何况速度还慢很多。如果没有化学反应或者涉及到极化率之类的计算的话，我认为至少现阶段分子力学仍然是较好的选择