24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1553  |  回复: 9
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

幻亦真

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请教一下量化计算大约3000个原子的多肽体系 已有3人参与

我要计算的多肽体系大约3000个原子, 包含C H O N S这五种原子。 因为体系太大,所以要使用oniom方法去计算。但是高层(high level)也有300个原子。原子太多,计算不动啊。请教高手~~
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

引用回帖:
7楼: Originally posted by yongleli at 2014-10-05 13:57:50
我们科研人员思维要不断更新。
现在大体系的量化计算发展很快。比如Greg Voth, John Z H Zhang这两派人过去做过的分块量化计算方法最近几年又有新发展。Todd Martinez弄出来的计算软件可以做蛋白质的直接QM计算( ...

你说的没错,其实我们组也做这些。关键是,这样的方法对蛋白质/核酸这样的体系描述的精确性未必高于像amber这样专门为生物大分子优化的分子力场,何况速度还慢很多。如果没有化学反应或者涉及到极化率之类的计算的话,我认为至少现阶段分子力学仍然是较好的选择
理论与计算化学,化学物理,生物物理
8楼2014-10-06 10:09:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+1 2014-10-01 23:55:00
幻亦真: 金币+1 2014-10-03 18:26:35
有化学反应吗?没有的话用分子力学吧
理论与计算化学,化学物理,生物物理
2楼2014-10-01 00:16:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
幻亦真: 金币+1 2014-10-03 18:26:43
请使用Todd Martinez的程序
http://www.petachem.com/products.html
前提是你有GPU
3楼2014-10-02 04:50:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dreamyeye

木虫 (著名写手)

听说现在超算中心的机群都能处理几亿个原子的体系了,是真的吗?
4楼2014-10-03 16:18:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂推荐 材料 304 +15 荷包蛋hyj 2026-03-26 15/750 2026-03-28 04:13 by fmesaito
[考研] 085701环境工程求调剂 +9 多久上课 2026-03-27 9/450 2026-03-28 03:58 by fmesaito
[考研] 0856,材料与化工321分求调剂 +8 大馋小子 2026-03-27 9/450 2026-03-28 03:55 by fmesaito
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 安徽大学专硕生物与医药专业(086000)324分,英语已过四六级,六级521,求调剂 +4 美味可乐鸡翅 2026-03-26 4/200 2026-03-27 15:27 by 星空星月
[考研] 274求调剂 +17 顾九笙要谦虚 2026-03-24 23/1150 2026-03-27 15:16 by caszguilin
[考研] 0703一志愿9,初试成绩:338,四六级已过,有科研经历,求调剂! +3 Zuhui0306 2026-03-25 3/150 2026-03-27 14:09 by shangxh
[考研] 311求调剂 +7 lin0039 2026-03-26 7/350 2026-03-27 12:42 by 果果妈咪
[考研] 一志愿华东理工大学081700,初试分数271 +6 kotoko_ik 2026-03-23 7/350 2026-03-27 12:29 by 惠州彭于晏
[考研] 329求调剂 +4 星野? 2026-03-26 4/200 2026-03-27 12:00 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿武汉理工,总分321,英一数二,求老师收留。 +5 nnnnnnn5 2026-03-25 5/250 2026-03-27 04:42 by wxiongid
[考研] 329求调剂 +7 钮恩雪 2026-03-25 7/350 2026-03-27 04:28 by wxiongid
[考研] 生物学学硕,一志愿湖南大学,初试成绩338 +4 YYYYYNNNNN 2026-03-26 4/200 2026-03-26 19:00 by macy2011
[考研] 309求调剂 +4 gajsj 2026-03-25 5/250 2026-03-26 00:27 by Dyhoer
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856材料化工 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-23 6/300 2026-03-25 22:25 by 544594351
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
[考博] 26申博自荐 +3 whh869393 2026-03-24 3/150 2026-03-24 09:55 by 21018060
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
[考研] 石河子大学(211、双一流)硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
[考研] 材料与化工(0856)304求 B区 调剂 +3 邱gl 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:47 by lature00
信息提示
请填处理意见