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幻亦真

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请教一下量化计算大约3000个原子的多肽体系 已有3人参与

我要计算的多肽体系大约3000个原子, 包含C H O N S这五种原子。 因为体系太大,所以要使用oniom方法去计算。但是高层(high level)也有300个原子。原子太多,计算不动啊。请教高手~~
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yongleli

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
gmy1990: 金币+3 2014-10-06 05:27:50
引用回帖:
2楼: Originally posted by agent99 at 2014-10-01 00:16:33
有化学反应吗?没有的话用分子力学吧

我们科研人员思维要不断更新。
现在大体系的量化计算发展很快。比如Greg Voth, John Z H Zhang这两派人过去做过的分块量化计算方法最近几年又有新发展。Todd Martinez弄出来的计算软件可以做蛋白质的直接QM计算(Born-Oppenheimer dynamics)。
7楼2014-10-06 02:57:50
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agent99

禁虫 (正式写手)

物化程序猿

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+1 2014-10-01 23:55:00
幻亦真: 金币+1 2014-10-03 18:26:35
有化学反应吗?没有的话用分子力学吧
理论与计算化学,化学物理,生物物理
2楼2014-10-01 00:16:33
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
幻亦真: 金币+1 2014-10-03 18:26:43
请使用Todd Martinez的程序
http://www.petachem.com/products.html
前提是你有GPU
3楼2014-10-02 04:50:59
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dreamyeye

木虫 (著名写手)

听说现在超算中心的机群都能处理几亿个原子的体系了,是真的吗?
4楼2014-10-03 16:18:45
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