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JamesZu

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 各位大侠CRISPP载体连接问题请教,线上等候…… 已有2人参与

各位大侠,最近做CRISPR载体构建,就是将自己设计好的20bp敲除位点连接到酶切后的CRISPR 15k的大载体上。提出的质粒,酶切后电泳,以及连接中的电泳图见下。连接体系为6微升,2微升的切胶回收载体(约20ng),1微升oligo及3微升solution I。只是做了几遍平板上总长不出阳性菌:要不一块板一个菌不长,要不长一两个。一鉴定又都不是阳性菌,苦恼中……望各位大侠不吝赐教!!!

各位大侠CRISPP载体连接问题请教,线上等候……
Linking.jpg(连接24h取1微升电泳)


各位大侠CRISPP载体连接问题请教,线上等候……-1
NCRISPR.jpg(切胶回收后及合成的oligo)


各位大侠CRISPP载体连接问题请教,线上等候……-2
plasmid.jpg(切胶前质粒电泳)
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匿名

用户注销 (小有名气)

本帖仅楼主可见
2楼2014-09-18 08:45:30
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kuenyunliu

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-09-18 21:18:15
谁知道你用的哪家公司的连接酶  还solution1.我囧。。。。。。

连这种超小的片段一般都不建议用酶切酶连来做。
你尝试下用gibson assembly或者lic做会比较好  (总之就是用引物设计的方法将20bp嵌在引物里)
如果这样都做不出来  看看你设计的20bp靶向序列跟你的载体有没有高度重复的地方 然后重新设计
如果你的载体时购买的,之前成功替换过靶向区域,那么不用考虑vector backbone的问题
3楼2014-09-18 21:06:10
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JamesZu

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by kuenyunliu at 2014-09-18 21:06:10
谁知道你用的哪家公司的连接酶  还solution1.我囧。。。。。。

连这种超小的片段一般都不建议用酶切酶连来做。
你尝试下用gibson assembly或者lic做会比较好  (总之就是用引物设计的方法将20bp嵌在引物里)
如 ...

哈哈,忘了说了,不好意思啊。 用的是TAKARA T载体中的solution 1。小片段是合成的,只有载体用酶处理了。至于你说得gibson assembly 看起来不错,但是没用过不知效果如何……没有高度重复区。

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-09-19 10:15:49
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pypsak

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
5楼2014-09-19 10:45:42
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周震宇

新虫 (小有名气)

不知道楼主最后怎么解决的,我现在也遇到一样的问题,用的solution 1,总是没有阳性菌,求指导,谢谢!
6楼2016-03-25 09:05:43
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