24小时热门版块排行榜    

查看: 975  |  回复: 7

花尾巴猪98

铁虫 (初入文坛)

[求助] 湖泊底泥DNA提取的问题 已有4人参与

我在做湖泊底泥微生物DNA的提取。可是提取过程中,发现杂质很多,而且颜色较深。请问这可能是什么造成的,要怎样避免呢
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

馨-馨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你是手提的话,底泥里有大量的腐殖酸等物质,提取后很色很深,说明纯度不够,需要酚氯仿多抽提几次。当然,有条件的话,推荐用试剂盒提取。因为如果你的模板提取质量不高,后续的PCR等一系列实验会遇到很多问题。祝楼主实验顺利。
2楼2014-09-17 08:37:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

a314919473

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
主要看你后续试验。
我们主要做DGGE,提取过程遇到这些情况很正常,可以考虑取500mg污泥,加入1ml的1xTE中,离心去上清,然后再加裂解液,如果DNA还是颜色很深,可以电泳后纯化,或者直接买个去腐殖酸的试剂盒,这个我们公司就有。
祝你成功
有你真好
3楼2014-09-17 14:12:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
搜索一下冯家勋的文章,该人做过宏基因组文库,文章里提了怎么纯化提取DNA的。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
4楼2014-09-17 22:09:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

199006287956

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2014-09-17 22:09:11
搜索一下冯家勋的文章,该人做过宏基因组文库,文章里提了怎么纯化提取DNA的。

师兄好,现在还在广西发展?

[ 发自小木虫客户端 ]
追求不惜,奋斗不息
5楼2014-09-19 11:08:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我党精英

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你可以试一下 E.Z.N.A. Soil DNA Kit 基因组DNA提取试剂盒
6楼2014-09-19 11:46:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

引用回帖:
5楼: Originally posted by 199006287956 at 2014-09-19 11:08:30
师兄好,现在还在广西发展?
...

已回复站内短信
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
7楼2014-09-19 18:54:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

【答案】应助回帖

我干脆说出来了,先用凝胶过滤方法来分离,在G50中,DNA先出来,腐殖酸后出来,先出来的DNA用乙醇或者异丙醇来沉淀即可。假如要求DNA的大小均一,就跑琼脂糖凝胶电泳,同时跑一个分子量标记,对照相应长度的位置切下,回收DNA。我们喜欢用30-40KB的DNA来建库。不过那都是06年以前的事情了,后来就没有再建库,转向可培养微生物了。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
8楼2014-09-19 19:01:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 花尾巴猪98 的主题更新
信息提示
请填处理意见