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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 湖泊底泥DNA提取的问题
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花尾巴猪98

铁虫 (初入文坛)

[求助] 湖泊底泥DNA提取的问题 已有4人参与

我在做湖泊底泥微生物DNA的提取。可是提取过程中，发现杂质很多，而且颜色较深。请问这可能是什么造成的，要怎样避免呢
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1楼 2014-09-17 08:09:09
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

【答案】应助回帖

我干脆说出来了，先用凝胶过滤方法来分离，在G50中，DNA先出来，腐殖酸后出来，先出来的DNA用乙醇或者异丙醇来沉淀即可。假如要求DNA的大小均一，就跑琼脂糖凝胶电泳，同时跑一个分子量标记，对照相应长度的位置切下，回收DNA。我们喜欢用30-40KB的DNA来建库。不过那都是06年以前的事情了，后来就没有再建库，转向可培养微生物了。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
8楼2014-09-19 19:01:11
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馨-馨

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你是手提的话，底泥里有大量的腐殖酸等物质，提取后很色很深，说明纯度不够，需要酚氯仿多抽提几次。当然，有条件的话，推荐用试剂盒提取。因为如果你的模板提取质量不高，后续的PCR等一系列实验会遇到很多问题。祝楼主实验顺利。
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2楼2014-09-17 08:37:30
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a314919473

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
主要看你后续试验。
我们主要做DGGE，提取过程遇到这些情况很正常，可以考虑取500mg污泥，加入1ml的1xTE中，离心去上清，然后再加裂解液，如果DNA还是颜色很深，可以电泳后纯化，或者直接买个去腐殖酸的试剂盒，这个我们公司就有。
祝你成功
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有你真好
3楼2014-09-17 14:12:54
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
搜索一下冯家勋的文章，该人做过宏基因组文库，文章里提了怎么纯化提取DNA的。
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4楼2014-09-17 22:09:11
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