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aileen小宁

铁虫 (初入文坛)

[求助] 分子对接问题！请教各位大神几个关于分子对接的问题 已有1人参与

小楼因为要做毕业论文刚接触到分子对接软件，做的是小分子配体和蛋白质的对接，想问几个入门问题，问的浅显还望大神勿喷。
1  从PDB中下载的蛋白复合晶体可以分离吗（看其他相似论文有这种说法），但我试过在ADS里面打开好像只有蛋白的结构，药物分子的看不到，求解。
2 配体分子都是自己根据构效关系设计出来的吗？还是说能设置参数之类的通过autodock 软件设计出来？看到有参考说到生物电子等排替换不知道怎么回事。
3 听说配体分子是用chemdraw画出来的，再用PMOL优化.....还有其他方便的办法木有，pmol也不会用啊啊啊...
4 grid box参数和对接运行参数设置如何确定
第一次在木虫里发帖，新手金币也不多，问题可能很水....见谅见谅
希望有大神出来帮帮我，跪谢啊
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1楼 2014-09-16 23:15:40
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邱玉信

禁虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
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2楼2014-09-17 00:27:39
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