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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 散尽金币！跪求MS建立水分子晶胞的详细过程！
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蔡元浩

铁虫 (小有名气)

[求助] 散尽金币！跪求MS建立水分子晶胞的详细过程！ 已有3人参与

如题所示，本人这些天一直在学习MS，可是到了真正用的时候却问题百出，一个水分子的晶胞竟都建不起来，其中的问题很多都搞不清白，比如
1，导入CIF文件，calculate bonds 出现一个氧原子上连有四个氢原子
有些虫友建议我把多余的氢原子删掉，可是由于对称性，删掉一个相当于把所有的与他对称的氢原子全部删掉了，
2，手动输入晶格参数，然后只输入氧原子坐标，手动画出氢原子，同样一个氧原子上会连接多个氢原子，
3，同样的方法建立的尿素晶胞非常完美，再用到水分子上是就显得行不通了，
诸如此类的问题，之前发过先关的帖子，虫友们也给了一些建议，但是自身比较愚笨，至今还没有解决，希望路过的虫友们帮帮忙，提供一下详细过程，最好加图示，在下感激不尽！
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机会总是留给有准备得人！
1楼 2014-09-16 12:55:45
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qinzonghui
2楼2014-09-16 13:24:21
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zyjsky01

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
取消对称性，再删除多余的原子
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活好当下
3楼2014-09-16 17:05:45
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蔡元浩

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zyjsky01 at 2014-09-16 17:05:45
取消对称性，再删除多余的原子

能不能说下怎么取消他的对称性，
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机会总是留给有准备得人！
4楼2014-09-16 17:17:41
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://jerkwin.github.io/2013/12 ... %E6%96%87%E4%BB%B6/

冰Ih中的H原子处于无序状态
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5楼2014-09-16 21:55:44
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cyl001

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
蔡元浩: 金币+285, ★有帮助 2014-10-10 20:58:49
月只蓝: 该贴涉嫌金币转移行为，且IP检查显示您与 蔡元浩 非常相近，请与2天内通过短消息联系我，解释您与 蔡元浩 的关系，逾期按金币转移行为处理。相关规定见：http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=3711903 2014-10-11 08:36:14
月只蓝: 确定为金币转移行为，具体处罚见：http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=8010597 2014-10-13 09:45:33
月只蓝: 金币-50, 扣除转移金币285*0.8=228，现分次扣除，第一次50个 2014-10-13 09:47:26
月只蓝: 金币-50, 扣除转移金币285*0.8=228，现分次扣除，第二次50个 2014-10-13 09:47:37
月只蓝: 金币-50, 扣除转移金币285*0.8=228，现分次扣除，第三次50个 2014-10-13 09:47:46
月只蓝: 金币-50, 扣除转移金币285*0.8=228，现分次扣除，第四次50个 2014-10-13 09:47:56
月只蓝: 金币-28, 扣除转移金币285*0.8=228，现分次扣除，第五次28个 2014-10-13 09:48:09
同样的方法建立的尿素晶胞非常完美，再用到水分子上是就显得行不通了。
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6楼2014-10-10 20:57:38
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georgexuz

新虫 (初入文坛)
请问你解决了吗，我也遇到这个问题，求帮助
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7楼2015-01-12 14:51:36
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