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海上余辉

新虫 (初入文坛)

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[求助] 测序法检测SSR 已有1人参与

第一次用测序法检测SSR（研究SSR在多代之间的变化规律），没有这方面的经验。我们的主要步骤是先提取样品(赤眼蜂)的基因组，帅选引物，再用引物去跑PCR，最后将PCR产物纯化后做测序检测。筛选引物的标准是不是只要能够跑出单一条带的引物就可以用来做SSR的检测？SSR的会不会不止是重复次数的改变，在重复内的碱基会不会发生改变？希望有做过这方面实验的虫友们可以给我指点，或者是推荐相关的文献给我看也行。谢谢！

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1楼 2014-09-12 16:24:07

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jean_liang

金虫 (小有名气)

炉中小鸟

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【答案】应助回帖

问：筛选引物的标准是不是只要能够跑出单一条带的引物就可以用来做SSR的检测？
答：跑出单一条带说明该引物能够对某一区域的序列进行扩增，需要你将跑出来的条带纯化后进行一代测序，看看碱基是否与你的特定扩增区域一致，一致的话就整明该引物可以完成对某段特定区域的扩增；
问： SSR的会不会不止是重复次数的改变，在重复内的碱基会不会发生改变？
答：碱基存在SNP现象，也就是说重复内的碱基存在改变的可能；但相对于二代测序，一代测序对于测得碱基的精准度很高，碱基序列精准性强；一代测序的劣势是测序序列通量低；一个目标序列必须配有一对引物才能完成扩增和测序；

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天地为炉，世间万物，冥冥众生，谁不是在苦苦煎熬？！

2楼2021-03-04 10:03:10

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