| 查看: 1352 | 回复: 2 | |||
qchem铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
分子内氢键键能可以算吗？ 已有1人参与
|
|
不同的结构，猜想分子内氢键会影响功能，想知道其能量 应该怎么搞呢 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 经验 |
» 猜你喜欢
分子动力学 Plumed教程求助
已经有0人回复
-
International Journal of Nanoscience属于中科院4区吗？
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有129人回复
-
研究生学术新锐奖｜宁波微纳材料研讨会参会通知
已经有2人回复
-
申请2027年材料/化学类博士
已经有6人回复
-
澳大利亚南昆士兰大学量子点课题组招收博士生
已经有0人回复
-
求相关合成条件
已经有12人回复
-
2027春季申博自荐
已经有6人回复
-
香港中文大学（深圳）2026年招聘公告
已经有0人回复
-
青基的材料青椒们，可以把硕士联培生送我这里，要研二男生
已经有63人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- diamond软件生成氢键，怎么单独获取分子间氢键或分子内氢键？
已经有3人回复
- 请问分子A和B存在弱的氢键作用力，这种弱的氢键作用力在核磁中能有明显的位移变化吗？
已经有4人回复
- 阴离子与氢键相互作用模拟
已经有3人回复
- 氨基和醚氧键键形成氢键吗
已经有9人回复
- 请问如何用XP画出分子内及分子间氢键？
已经有11人回复
- 分子内氢键以何种形式存在如何做理论计算
已经有6人回复
- 如何抑制分子内氢键的产生？
已经有44人回复
- 帮忙看看审稿意见（有关氢键键能）
已经有7人回复
- 求助如何破坏尼龙12内部的氢键
已经有8人回复
- 什么东西可以抑制分子内或分子间氢键的形成？氢键抑制剂都有哪些？
已经有5人回复
- 氢键与静电力（急~~）
已经有17人回复
- 【求助】关于聚合物的氢键问题
已经有16人回复
- 【求助】如何破坏分子内氢键
已经有5人回复
- 【求助】拉曼光谱可以检测到分子间氢键吗
已经有18人回复
- 【求助】CO2和H2O分子之间为什么没有氢键？
已经有5人回复
- 【求助】怎么确定分子之间是主要氢键还是次级氢键？
已经有3人回复
- 【请教】请教大家怎么找分子间氢键的对称性代码
已经有11人回复
- 【讨论】关于不同z值处的水能形成氢键数的脚本讨论
已经有4人回复
sobereva
至尊木虫 (著名写手)
本人已永久离开小木虫
- QC强帖: 17
- 应助: 226 (大学生)
- 贵宾: 5.4
- 金币: 2180.5
- 红花: 217
- 帖子: 1241
- 在线: 366.8小时
- 虫号: 281271
- 注册: 2006-09-23
- 专业: 宇宙学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+5, thanks 2014-09-06 05:28:47
qchem: 金币+8, ★★★★★最佳答案, 牛人就不用说什么了 2014-09-06 13:06:39
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+5, thanks 2014-09-06 05:28:47
qchem: 金币+8, ★★★★★最佳答案, 牛人就不用说什么了 2014-09-06 13:06:39
|
有多种方法 1 适当地调整结构。比如调整羟基的二面角，使H转到一边去后就能破坏氢键，那么旋转前后的能量差就是内氢键的能量。这个方法虽严格准确，但十分适用的场合有限，并且需保证旋转过程中不明显引起其它新的作用比如位阻之类。此文就用了这个方法讨论DOI: 10.1007/s11224-014-0430-6 2 把体系拆分成两个模型片段（把边缘也适当饱和，适当地旋转截断处的二面角以避开位阻），使得两个片段间的主要作用就是那个内氢键，那么片段间的相互作用能就是氢键了。缺点是有时候不好拆分，而且可能其它相互作用也会掺进去。 3 用AIM分析。很多人提出了不同的把氢键能量和BCP的属性关联的方法。常用的一个关系是氢键能量等于BCP处势能密度的一半（Chem. Phys. Lett., 285, 170），因此对体系做AIM分析，去分析内氢键对应的BCP属性然后转化成能量就行了。一个例子见Multiwfn手册4.2.1。 4 利用分子力场。分子力场大多只是通过原子电荷结合LJ势来描述氢键的，虽然形式粗糙，但结果倒也合理。因此自行计算原子电荷，结合对应的LJ参数，然后以分子力场的方式来估算内氢键能量即可。有的力场也有单独的氢键项可以考虑挪来用。 5 原子核处静电势分析。J. Phys. Chem. A, 118, 1697 (2014)中提出可以利用原子核处的静电势来很好地讨论氢键卤键等各种相互作用，给出了一套很准确的关系式。方法介绍和实例参见最新版（目前是3.3.6(dev)版）Multiwfn手册的4.1.2节。对于内氢键，这也需要先对体系拆分成两个模型片段才能用这个方法。相对于前述的方法2来说，这种做法可以避免其它形式的相互作用搀和进去。 6 还有人拟合了氢键能量与氢键距离等参数的关系式，见J. Phys. Chem. A 2011, 115, 10078–10086的表4的脚注，但那些关系用的人不多，可信度需要自己定夺。 |
2楼2014-09-06 04:02:39
magicmonk
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 172 (高中生)
- 金币: 11451.3
- 红花: 24
- 帖子: 1124
- 在线: 3108.8小时
- 虫号: 1191315
- 注册: 2011-01-17
- 专业: 理论和计算化学
3楼2014-09-06 10:17:16
20