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nxyyy

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请问如何用XP画出分子内及分子间氢键?

用XP画出的图没有显示分子内和分子间氢键(堆积图),请问有什么指令吗?谢谢。

[ Last edited by nxyyy on 2013-1-30 at 21:02 ]
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流,欢迎常来晶体版 2013-01-31 08:16:56
nxyyy: 金币+5, 有帮助 2013-02-03 15:55:27
pack指令之后没有形成氢键?PLATON的acc file有显示hydrogen bond table没?

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2楼2013-01-31 00:27:38
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nxyyy

铜虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by tzeshyang at 2013-01-31 00:27:38
pack指令之后没有形成氢键?PLATON的acc file有显示hydrogen bond table没?

用了pack指令了,选择了sgen/fmol,还是没有显示氢键,用的olex2解析的,加了bond $h的指令。
3楼2013-01-31 20:15:44
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

PLATON--->Select new data file--->load CIF--->PLATON graphical menu--->Calc Hbond

试试看有氢键显示吗?
4楼2013-02-01 00:05:57
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nxyyy

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by tzeshyang at 2013-02-01 00:05:57
PLATON--->Select new data file--->load CIF--->PLATON graphical menu--->Calc Hbond

试试看有氢键显示吗?

还是没有,该分子含有C、H、O、N,两个苯环一个六元环。在olex2里能看到有分子内和分子间氢键,但是用XP一画出来就没有了,别的晶体数据是可以画出分子间氢键,还有分子内氢键一直没有显示,包括别的晶体。会是什么原因呢?
5楼2013-02-01 14:46:17
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by nxyyy at 2013-02-01 14:46:17
还是没有,该分子含有C、H、O、N,两个苯环一个六元环。在olex2里能看到有分子内和分子间氢键,但是用XP一画出来就没有了,别的晶体数据是可以画出分子间氢键,还有分子内氢键一直没有显示,包括别的晶体。会是什么 ...

1.如果PLATON没有显示hydrogen bond table,那你的晶体应该不没有氢键。
2.intramolecular bond (没有symmetry operator)在XP里是要手动加上的。用join指令。
6楼2013-02-01 16:05:47
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by tzeshyang at 2013-02-01 16:05:47
1.如果PLATON没有显示hydrogen bond table,那你的晶体应该不没有氢键。
2.intramolecular bond (没有symmetry operator)在XP里是要手动加上的。用join指令。...

修正:
1.。。。。。。。。。。。。。。。。。。。, 那你的晶体应该就没有氢键。
7楼2013-02-01 16:07:59
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nxyyy

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by tzeshyang at 2013-02-01 16:05:47
1.如果PLATON没有显示hydrogen bond table,那你的晶体应该不没有氢键。
2.intramolecular bond (没有symmetry operator)在XP里是要手动加上的。用join指令。...

用PLATON算了之后出现一个Dialog 窗口,有氢键表格。
8楼2013-02-02 11:18:29
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by nxyyy at 2013-02-02 11:18:29
用PLATON算了之后出现一个Dialog 窗口,有氢键表格。...

可以试试pack2或pack3指令,记得删除不应该存在的多余的氢键。

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9楼2013-02-03 19:33:26
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nxyyy

铜虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by tzeshyang at 2013-02-03 19:33:26
可以试试pack2或pack3指令,记得删除不应该存在的多余的氢键。...

非常感谢,分子间氢键出现了!但是分子内氢键还是没有显示,确定是有分子内氢键,有可能是我哪个指令没有用对,还望指点,谢谢!
10楼2013-02-04 01:02:32
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