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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 请问如何用XP画出分子内及分子间氢键？
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nxyyy

铜虫 (初入文坛)

[求助] 请问如何用XP画出分子内及分子间氢键？

用XP画出的图没有显示分子内和分子间氢键（堆积图），请问有什么指令吗？谢谢。

[ Last edited by nxyyy on 2013-1-30 at 21:02 ]
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1楼 2013-01-30 20:28:40
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流，欢迎常来晶体版 2013-01-31 08:16:56
nxyyy: 金币+5, ★有帮助 2013-02-03 15:55:27
pack指令之后没有形成氢键？PLATON的acc file有显示hydrogen bond table没？
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nxyyy
2楼2013-01-31 00:27:38
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nxyyy

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by tzeshyang at 2013-01-31 00:27:38
pack指令之后没有形成氢键？PLATON的acc file有显示hydrogen bond table没？

用了pack指令了，选择了sgen/fmol，还是没有显示氢键，用的olex2解析的，加了bond $h的指令。
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3楼2013-01-31 20:15:44
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

PLATON--->Select new data file--->load CIF--->PLATON graphical menu--->Calc Hbond

试试看有氢键显示吗？
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4楼2013-02-01 00:05:57
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nxyyy

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tzeshyang at 2013-02-01 00:05:57
PLATON--->Select new data file--->load CIF--->PLATON graphical menu--->Calc Hbond

试试看有氢键显示吗？

还是没有，该分子含有C、H、O、N，两个苯环一个六元环。在olex2里能看到有分子内和分子间氢键，但是用XP一画出来就没有了，别的晶体数据是可以画出分子间氢键，还有分子内氢键一直没有显示，包括别的晶体。会是什么原因呢？
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5楼2013-02-01 14:46:17
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by nxyyy at 2013-02-01 14:46:17
还是没有，该分子含有C、H、O、N，两个苯环一个六元环。在olex2里能看到有分子内和分子间氢键，但是用XP一画出来就没有了，别的晶体数据是可以画出分子间氢键，还有分子内氢键一直没有显示，包括别的晶体。会是什么 ...

1.如果PLATON没有显示hydrogen bond table，那你的晶体应该不没有氢键。
2.intramolecular bond （没有symmetry operator）在XP里是要手动加上的。用join指令。
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6楼2013-02-01 16:05:47
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by tzeshyang at 2013-02-01 16:05:47
1.如果PLATON没有显示hydrogen bond table，那你的晶体应该不没有氢键。
2.intramolecular bond （没有symmetry operator）在XP里是要手动加上的。用join指令。...

修正：
1.。。。。。。。。。。。。。。。。。。。， 那你的晶体应该就没有氢键。
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7楼2013-02-01 16:07:59
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nxyyy

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tzeshyang at 2013-02-01 16:05:47
1.如果PLATON没有显示hydrogen bond table，那你的晶体应该不没有氢键。
2.intramolecular bond （没有symmetry operator）在XP里是要手动加上的。用join指令。...

用PLATON算了之后出现一个Dialog 窗口，有氢键表格。
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8楼2013-02-02 11:18:29
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tzeshyang

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by nxyyy at 2013-02-02 11:18:29
用PLATON算了之后出现一个Dialog 窗口，有氢键表格。...

可以试试pack2或pack3指令，记得删除不应该存在的多余的氢键。
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nxyyy
9楼2013-02-03 19:33:26
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nxyyy

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by tzeshyang at 2013-02-03 19:33:26
可以试试pack2或pack3指令，记得删除不应该存在的多余的氢键。...

非常感谢，分子间氢键出现了！但是分子内氢键还是没有显示，确定是有分子内氢键，有可能是我哪个指令没有用对，还望指点，谢谢！
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10楼2013-02-04 01:02:32
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