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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 构建发育树 好奇怪的样子 自己的序列在一个分支上 已经捣鼓四天了
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樊樊

铜虫 (小有名气)

[求助] 构建发育树 好奇怪的样子 自己的序列在一个分支上 已经捣鼓四天了 已有3人参与

测序回来  NCBI上比对   相似性都在99%以上   每个序列挑选两个到三个相似菌株序列   用MEGA5建发育树   结果是   自己的菌株在一个分支上   下载下来的序列在一个分支上，搞不懂为什么    这几天陆续试了各种方法    去下载了模式菌株   结果还是一样的   
我的序列长度在750bp左右，怎么破   各位大神

构建发育树 好奇怪的样子  自己的序列在一个分支上  已经捣鼓四天了
360截图20140904223922265.jpg
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1楼 2014-09-04 22:41:40
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-09-04 23:49:07
"每个序列挑选两个到三个相似菌株序列"是什么意思？不在一个分支上说明遗传距离远。另外，看你选的序列有的是全长，有的是部分，应该用对应等长的序列建树。
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2楼2014-09-04 23:19:07
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andylihuilai

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有两种可能，一种是你的序列是反向的，需要反向互补一下再建树，另一种情况是你是克隆测序的，序列两端还含有载体序列。
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3楼2014-09-05 10:25:09
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樊樊

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by andylihuilai at 2014-09-05 10:25:09
有两种可能，一种是你的序列是反向的，需要反向互补一下再建树，另一种情况是你是克隆测序的，序列两端还含有载体序列。

反向互补之类的我都试过了，没用
确实是克隆测序   可是我已经把载体序列去掉了啊   怎么还是这样啊
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4楼2014-09-05 10:33:39
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樊樊

铜虫 (小有名气)
顶顶
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5楼2014-09-05 14:51:13
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jkamm

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
貌似同源性好高，99%，应就是同一个东东了吧。
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6楼2014-09-05 16:12:23
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樊樊

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jkamm at 2014-09-05 16:12:23
貌似同源性好高，99%，应就是同一个东东了吧。

我也是这么认为的啊，可是用MEGA建树出来  距离离得好远
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7楼2014-09-05 18:26:57
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