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关于amber中PBSA能量分解的一个小问题
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我进行了一个蛋白质复合物的分子动力学模拟，在prod.in中有如下设置： nstlim=15000000, dt=0.002意思是共进行15000000步的模拟，每步0.002ps，共用时30000ps，即30ns 接下来我在进行蛋白质复合物的PBSA能量分解时，遇到了一个问题： 在设置extract_coords.mmpbsa这一输入文件时 有两个参数是这样的 NSTART - Start structure extraction from NSTART snapshot. NSTOP - Stop structure extraction at NSTOP snapshot. NFREQ - Every NFREQ structure will be extracted from the trajectory. 请问这里的snapshot是什么意思，它是指的是从以上第几步的模拟开始选择吗，比如说我从第7500000步开始选择，至第15000000步结束选择，就要设置 NSTART =7500000，NSTOP=15000000吗 谢谢 |
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