| 查看: 566 | 回复: 0 | ||
[求助]
关于amber中PBSA能量分解的一个小问题
|
|
我进行了一个蛋白质复合物的分子动力学模拟，在prod.in中有如下设置： nstlim=15000000, dt=0.002意思是共进行15000000步的模拟，每步0.002ps，共用时30000ps，即30ns 接下来我在进行蛋白质复合物的PBSA能量分解时，遇到了一个问题： 在设置extract_coords.mmpbsa这一输入文件时 有两个参数是这样的 NSTART - Start structure extraction from NSTART snapshot. NSTOP - Stop structure extraction at NSTOP snapshot. NFREQ - Every NFREQ structure will be extracted from the trajectory. 请问这里的snapshot是什么意思，它是指的是从以上第几步的模拟开始选择吗，比如说我从第7500000步开始选择，至第15000000步结束选择，就要设置 NSTART =7500000，NSTOP=15000000吗 谢谢 |
回复此楼» 猜你喜欢
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有123人回复
-
今天基金会出结果吗？20260819
已经有13人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有16人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有13人回复
-
为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？
已经有5人回复
-
今天放榜没戏了吧
已经有5人回复
-
今天放榜吗？
已经有15人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有12人回复
-
2027广东省杰青
已经有10人回复
-
朋友圈看到的
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
Amber复合物MM-PBSA菜鸟求助！！！
已经有10人回复
- 【求助】pbsa的一个问题，计算时出错请高手帮忙
已经有5人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
