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alman001

铜虫 (小有名气)

[求助] 有关RACE的几个问题,大家来帮帮我啊! 已有2人参与

1. 3’ RACE相对好做一些,但是当基因3' RACE的测序结果出来之后在NCBI的blast比对后有时候会发现和别的物种相同基因的3'会相差那么几个碱基,同时用试剂盒做出来的自己基因的3'也是能找到Poly A尾巴的,那么这种情况下是继续往3’端RACE直到和别的物种3'端比对得到头还是怎么样,怎样确定一个基因RACE的3'端是不是已经到头了呢?(本人使用takara试剂盒)
2. 5’ RACE比较困难, 我用takara的5'试剂盒,有时候我也会用takara的genome walking试剂盒在基因组水平上试图找到基因的起始密码子,但是两种方法对我现在的基因效果都不太好,该怎么办呢?如果我的基因用一个试剂盒反复设计引物总是5'扩增不到头,是什么原因,我该怎么办呢?

大家快来帮帮我,总是这么耗着很郁闷的!
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有事做,无事争
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我爱沈泉

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lqf808: 金币+1, 谢谢应助 2014-09-07 06:25:24
3’ RACE 是比 5’ RACE 简单的多,我也有好多可以获得3’ RACE但得不到5’ RACE的一些基因片段,5’ RACE的获得不仅仅是和引物有关,也和原始的RNA模板及反转录有一定关系,所以慢慢来啊!
2楼2014-09-05 10:00:49
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alman001

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 我爱沈泉 at 2014-09-05 10:00:49
3’ RACE 是比 5’ RACE 简单的多,我也有好多可以获得3’ RACE但得不到5’ RACE的一些基因片段,5’ RACE的获得不仅仅是和引物有关,也和原始的RNA模板及反转录有一定关系,所以慢慢来啊!

好的,谢啦!
有事做,无事争
3楼2014-09-06 14:17:43
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songrux

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

有polyA尾巴是由于酶有加尾功能,不是由于你扩到完整的序列,确定是否完整可在网上看一下ORF预测。
4楼2015-03-28 10:42:25
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