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@漂洋过海@

金虫 (小有名气)

[求助] 口服生物利用度比较低的分子适合做分子对接吗? 已有2人参与

一个小分子的口服生物利用度比较低,适合做分子对接吗?
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pymol

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【答案】应助回帖

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这个与口不口服没关系,与你的靶点蛋白有关,可以做
2楼2014-09-03 10:16:08
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@漂洋过海@

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-09-03 10:16:08
这个与口不口服没关系,与你的靶点蛋白有关,可以做

谢谢啊,我是做中药小分子筛选,在做的过程中发现,口服生物利用度小的分子(<50%)得分都比较低,有一些有效成分口服生物利用度也很低,做对接的时候得分也相应的很低。所以我觉得,口服生物利用度低的分子做分子对接没有什么意义,比如一些有效成分,口服生物利用度很低,做分子对接的时候得分很低,但是你不能因为得分低就说它无效。这种口服生物利用度低的有效成分,在体内起作用的可能大部分是其代谢产物。所以我觉得做中药小分子筛选的时候,口服生物利用度低的分子,就没有必要做分子对接,不知道对不对。再次感谢啊
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3楼2014-09-03 16:28:00
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by @漂洋过海@ at 2014-09-03 16:28:00
谢谢啊,我是做中药小分子筛选,在做的过程中发现,口服生物利用度小的分子(<50%)得分都比较低,有一些有效成分口服生物利用度也很低,做对接的时候得分也相应的很低。所以我觉得,口服生物利用度低的分子做分子 ...

问题是你对接得分比较低是各别蛋白质,还是很多的蛋白质都是这样?我记得小檗碱就是一个很好的例子,这个化合物口服后好像在血液里也少,难以监测到,这个应该就是你说的口服生物利用度低。但是它跟很多的蛋白对接的打分都很高。所以没有这种因果关系说,生物利用度低,对接打分就一定低,然后就没有必要做分子对接。正常的逻辑反而是在药物设计中,很多的化合物对接打分很好,细胞实验结果也很好。但是因为口服生物利用度低而被在开发前期放弃掉。
其实药物研究的靶点思路是在一条生物通路比较清晰时采用的办法,而且目前很多的靶点都是特定的一些通路,而对中药这种系统设计的,很有可能作用的不是在一些常规靶点,又像你说的,作用的化合物更多可能是它的细菌代谢产物。
4楼2014-09-04 13:57:18
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