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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何研究抗生素合成基因簇中的调控基因对这个抗生素的调控作用
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yghboy168

银虫 (小有名气)

[求助] 如何研究抗生素合成基因簇中的调控基因对这个抗生素的调控作用 已有3人参与

想研究放线菌中NRPS抗生素合成基因簇中一个未知功能的调控基因对这个抗生素本身的是否有调控作用。在敲除和过表达后如果会影响抗生素的合成后。如何研究其具体机制。有人建议研究调控基因与启动子的互作，但是本基因簇有64ORF，是否要各个研究。如果确定了其结合的启动子区域，如何再进一步研究其具体机制？
如果换作您，您有怎样的构思？谢谢
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眼内有尘三界窄，心头无事一床宽！
1楼 2014-08-31 11:20:15
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清风徐来111

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
yghboy168(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-09-03 21:20:36
看来你已经做了基因敲除和过表达了，只是不知道你基因敲除和过表达的表现型是什么样子的结果，这直接关系到下一步工作。
其实最简单的就是将敲除的和过表达的菌株针对于64个ORF做一个实时定量RT-PCR，看看其对不同基因表达的影响，找出明显影响的基因再做调节蛋白与DNA的互作应该就初步会得出结果，再做受影响基因蛋白表达产物的变化。最后根据受影响蛋白的结构分析其功能，对其功能进行验证。
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4楼2014-09-02 10:43:25
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bio_sci

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-08-31 19:49:26
我也在做类似研究，调控机制研究我觉得应该参照已有调控机制研究，看看有无类似之处，有无特殊之处，可以通过酵母单杂交来研究

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2楼2014-08-31 12:49:23
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bolysu

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
3楼2014-09-01 13:57:17
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bio_sci

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
64个orf都做定量啊，这个可不容易，出来上调或者下调的基因后再做什么啊

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5楼2014-09-03 07:12:00
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清风徐来111

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by bio_sci at 2014-09-03 07:12:00
64个orf都做定量啊，这个可不容易，出来上调或者下调的基因后再做什么啊

这有什么难的啊，只要多设计引物就可以了啊，就是工作量稍微多一点而已。
下面要做的几经告诉你了啊，是不是选择性失明了？
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6楼2014-09-03 08:54:42
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清风徐来111

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 清风徐来111 at 2014-09-03 08:54:42
这有什么难的啊，只要多设计引物就可以了啊，就是工作量稍微多一点而已。
下面要做的几经告诉你了啊，是不是选择性失明了？...

还有在真实情况下其实没有必要64个全做的，根据已经有的研究类比以下就可以剔除掉许多。没有任何研究是自己一个人捉摸出来的。
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7楼2014-09-03 08:58:33
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yghboy168

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 清风徐来111 at 2014-09-02 10:43:25
看来你已经做了基因敲除和过表达了，只是不知道你基因敲除和过表达的表现型是什么样子的结果，这直接关系到下一步工作。
其实最简单的就是将敲除的和过表达的菌株针对于64个ORF做一个实时定量RT-PCR，看看其对不同 ...

用什么技术来研究明显影响的基因与调节蛋白与DNA的互作呢？
我是个菜鸟，希望详细指点。比如用什么技术目的以及可以得出什么样的结果？谢谢啊希望不吝赐教！
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眼内有尘三界窄，心头无事一床宽！
8楼2014-09-03 19:27:25
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bio_sci

捐助贵宾 (正式写手)
商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
定量做了后还能做啥，还是不清楚，请详细讲解

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9楼2014-09-03 19:35:27
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清风徐来111

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by bio_sci at 2014-08-31 12:49:23
我也在做类似研究，调控机制研究我觉得应该参照已有调控机制研究，看看有无类似之处，有无特殊之处，可以通过酵母单杂交来研究

本人没有做过这样的研究，但知道这样的文献很多。大概就是将调节蛋白和可能的调控区DNA混合，电泳和分子杂交检测其相互结合，结合DNA酶切与保护，DNA突变及测序等。
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10楼2014-09-04 15:16:46
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