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yuexiaoming新虫 (小有名气)
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[交流]
运行之后水分子怎么乱了,氢氧键跑老远,上图,上in data文件 已有5人参与
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| 程序跑起来比较郝时间,我把跑完的dump.lammpstrj上传上去,大家可以用vmd直接打开观看,出现的问题是,氧原子跟氢原子分离了,但是之间还有键链接,怎么回事? |
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2014-08-28 21:48:05, 341.14 K
2014-08-28 21:49:53, 9.73 M
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因为你的羟基是在周期性盒子边缘了呀，比方说氧原子在最左边，氢原子如果运动到氧原子的左边就超过了盒子尺寸而使它周期性地到最右边去，这个时候两者还是成剑的，所以会这样。 你可以把它用vdw形式再把周期性放开就会好看点了。 |
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yuexiaoming
4楼2014-08-28 23:20:31
yuexiaoming
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2楼2014-08-28 21:52:19
yuexiaoming
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