| 查看: 2485 | 回复: 12 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
yuexiaoming新虫 (小有名气)
|
[交流]
运行之后水分子怎么乱了,氢氧键跑老远,上图,上in data文件 已有5人参与
|
||
| 程序跑起来比较郝时间,我把跑完的dump.lammpstrj上传上去,大家可以用vmd直接打开观看,出现的问题是,氧原子跟氢原子分离了,但是之间还有键链接,怎么回事? |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 1000.data
- 附件 2 : dump.lammpstrj
2014-08-28 21:48:05, 341.14 K
2014-08-28 21:49:53, 9.73 M
» 猜你喜欢
博士自荐
已经有3人回复
-
083200 初试305分 求调剂
已经有4人回复
-
292求调剂
已经有5人回复
-
22408 270分
已经有8人回复
-
一志愿2110，化学学硕310分，本科重点双非求调剂
已经有15人回复
-
070300化学学硕311分求调剂
已经有20人回复
-
085400 328分 求调剂
已经有4人回复
-
085801 总分275 本科新能源 求调剂
已经有8人回复
-
0854调剂
已经有6人回复
-
280求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
8楼2014-11-12 09:23:35
yuexiaoming
新虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 7.7
- 散金: 54
- 帖子: 101
- 在线: 91小时
- 虫号: 1661246
- 注册: 2012-03-03
- 专业: 微/纳机械系统
|
dimension 3 boundary p p p units metal atom_style full read_data 1000.data neighbor 2 bin neigh_modify delay 0 every 1 pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.15 8.5 8.5 pair_coeff 1 1 0.1521 3.154000 8.5 pair_coeff * 2 0.000000 0.000000 8.5 bond_style harmonic bond_coeff 1 450 0.9572 angle_style harmonic angle_coeff 1 55 104.52 kspace_style pppm/tip4p 0.001 velocity all create 318 12345 fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1 fix 2 all npt temp 318 318 2.5 iso 0 0 1000 timestep 0.002 thermo 100 dump 1 all atom 100 dump.lammpstrj run 10000 |
2楼2014-08-28 21:52:19
yuexiaoming
新虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 7.7
- 散金: 54
- 帖子: 101
- 在线: 91小时
- 虫号: 1661246
- 注册: 2012-03-03
- 专业: 微/纳机械系统
3楼2014-08-28 21:54:57
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
因为你的羟基是在周期性盒子边缘了呀，比方说氧原子在最左边，氢原子如果运动到氧原子的左边就超过了盒子尺寸而使它周期性地到最右边去，这个时候两者还是成剑的，所以会这样。 你可以把它用vdw形式再把周期性放开就会好看点了。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
yuexiaoming
4楼2014-08-28 23:20:31
