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yuexiaoming

新虫 (小有名气)

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[交流] 运行之后水分子怎么乱了,氢氧键跑老远,上图,上in data文件已有5人参与

程序跑起来比较郝时间,我把跑完的dump.lammpstrj上传上去,大家可以用vmd直接打开观看,出现的问题是,氧原子跟氢原子分离了,但是之间还有键链接,怎么回事?

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附件 1 : 1000.data

2014-08-28 21:48:05, 341.14 K

附件 2 : dump.lammpstrj

2014-08-28 21:49:53, 9.73 M

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1楼 2014-08-28 21:50:24

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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)

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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

由于边界性条件造成的，改一下drawing method就可以，dynamic bond就可以正常显示。

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8楼2014-11-12 09:23:35

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yuexiaoming

新虫 (小有名气)

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dimension 3
boundary p p p
units metal
atom_style full
read_data 1000.data
neighbor 2 bin
neigh_modify delay 0 every 1
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pair_coeff * 2 0.000000 0.000000 8.5
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bond_coeff 1 450 0.9572
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kspace_style pppm/tip4p 0.001
velocity all create 318 12345
fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1
fix 2 all npt temp 318 318 2.5 iso 0 0 1000
timestep 0.002
thermo 100
dump 1 all atom 100 dump.lammpstrj
run 10000

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2楼2014-08-28 21:52:19

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