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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 运行之后水分子怎么乱了,氢氧键跑老远,上图,上in data文件
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yuexiaoming

新虫 (小有名气)

[交流] 运行之后水分子怎么乱了,氢氧键跑老远,上图,上in data文件 已有5人参与

程序跑起来比较郝时间,我把跑完的dump.lammpstrj上传上去,大家可以用vmd直接打开观看,出现的问题是,氧原子跟氢原子分离了,但是之间还有键链接,怎么回事?
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  • 附件 1 : 1000.data
    • 2014-08-28 21:48:05, 341.14 K
  • 附件 2 : dump.lammpstrj
    • 2014-08-28 21:49:53, 9.73 M

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1楼 2014-08-28 21:50:24
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yuexiaoming

新虫 (小有名气)
图片
运行之后水分子怎么乱了,氢氧键跑老远,上图,上in data文件
2014-08-28 21:21:46 的屏幕截图.png
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3楼2014-08-28 21:54:57
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fangsteel

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by yuexiaoming at 2014-08-28 21:54:57
图片

2014-08-28 21:21:46 的屏幕截图.png

因为你的羟基是在周期性盒子边缘了呀，比方说氧原子在最左边，氢原子如果运动到氧原子的左边就超过了盒子尺寸而使它周期性地到最右边去，这个时候两者还是成剑的，所以会这样。
你可以把它用vdw形式再把周期性放开就会好看点了。
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yuexiaoming
gromacs
4楼2014-08-28 23:20:31
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普通回帖

yuexiaoming

新虫 (小有名气)
dimension 3
boundary p p p
units metal
atom_style full
read_data 1000.data
neighbor 2 bin
neigh_modify delay 0 every 1
pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.15 8.5 8.5
pair_coeff 1 1 0.1521 3.154000 8.5
pair_coeff * 2 0.000000 0.000000 8.5
bond_style harmonic
bond_coeff 1 450 0.9572
angle_style harmonic
angle_coeff 1 55 104.52
kspace_style pppm/tip4p 0.001
velocity all create 318 12345
fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1
fix 2 all npt temp 318 318 2.5 iso 0 0 1000
timestep 0.002
thermo 100
dump 1 all atom 100 dump.lammpstrj
run 10000
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2楼2014-08-28 21:52:19
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yuexiaoming

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2014-08-28 23:20:31
因为你的羟基是在周期性盒子边缘了呀，比方说氧原子在最左边，氢原子如果运动到氧原子的左边就超过了盒子尺寸而使它周期性地到最右边去，这个时候两者还是成剑的，所以会这样。
你可以把它用vdw形式再把周期性放开 ...

再向您请教一个问题，我的这个程序在我自己电脑上运行老是提示invalid fix shake 错误，但是在别人电脑上就没问题，我以为是fix shake 依赖的rigid package有问题，但是update rigid package 之后还是不能运行，我该怎么解决啊  送你红花一朵   非常感谢
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5楼2014-08-29 08:46:50
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yuexiaoming

新虫 (小有名气)
顶
6楼2014-08-29 13:51:05
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匿名

用户注销 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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7楼2014-09-01 21:05:21
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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
由于边界性条件造成的，改一下drawing method就可以，dynamic bond就可以正常显示。
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8楼2014-11-12 09:23:35
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mileyfan

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想请教一下，tip4p模型中的dummy atom 不需要在data文件中体现出来么？
以及我在lammps的mannual上查说氧原子不带电，想问为什么还是这样写data文件呢？

MD新手，还请不吝赐教，谢谢~
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9楼2015-07-14 11:47:41
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mileyfan

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yuexiaoming at 2014-08-29 08:46:50
再向您请教一个问题，我的这个程序在我自己电脑上运行老是提示invalid fix shake 错误，但是在别人电脑上就没问题，我以为是fix shake 依赖的rigid package有问题，但是update rigid package 之后还是不能运行，我 ...

楼主，invalid fix shake 问题我也遇到了，但是还没有在别人电脑上试过，请问后来解决了么？
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10楼2015-07-14 11:49:24
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