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yuexiaoming新虫 (小有名气)
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[交流]
运行之后水分子怎么乱了,氢氧键跑老远,上图,上in data文件 已有5人参与
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| 程序跑起来比较郝时间,我把跑完的dump.lammpstrj上传上去,大家可以用vmd直接打开观看,出现的问题是,氧原子跟氢原子分离了,但是之间还有键链接,怎么回事? |
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2014-08-28 21:48:05, 341.14 K
2014-08-28 21:49:53, 9.73 M
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7楼2014-09-01 21:05:21
yuexiaoming
新虫 (小有名气)
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dimension 3 boundary p p p units metal atom_style full read_data 1000.data neighbor 2 bin neigh_modify delay 0 every 1 pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.15 8.5 8.5 pair_coeff 1 1 0.1521 3.154000 8.5 pair_coeff * 2 0.000000 0.000000 8.5 bond_style harmonic bond_coeff 1 450 0.9572 angle_style harmonic angle_coeff 1 55 104.52 kspace_style pppm/tip4p 0.001 velocity all create 318 12345 fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1 fix 2 all npt temp 318 318 2.5 iso 0 0 1000 timestep 0.002 thermo 100 dump 1 all atom 100 dump.lammpstrj run 10000 |
2楼2014-08-28 21:52:19
yuexiaoming
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3楼2014-08-28 21:54:57
fangsteel
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因为你的羟基是在周期性盒子边缘了呀，比方说氧原子在最左边，氢原子如果运动到氧原子的左边就超过了盒子尺寸而使它周期性地到最右边去，这个时候两者还是成剑的，所以会这样。 你可以把它用vdw形式再把周期性放开就会好看点了。 |
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yuexiaoming
4楼2014-08-28 23:20:31
