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bolix

铁虫 (正式写手)

[求助] 配体的质子化状态

大家好，我正在做一个配体与受体的分子对接，用的软件是autodock
配体是含多个羧基的化合物（不是氨基酸），有手性，在pubchem也找到它的mol2文件
但考虑到羧基的质子化状态可能对对接结果影响比较大，所以有以下两个问题：
1、如何判断配体的质子化状态
2、确定质子化状态后如何修改？autodock可以直接修改吗？或是用其它什么软件？
谢谢大家！
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1楼 2014-08-28 11:14:55
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