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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请问sybyl的分子动力学Dynamics可以并行么
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s1g2k3

铁虫 (小有名气)

[求助] 请问sybyl的分子动力学Dynamics可以并行么 已有1人参与

只用一个核算的好慢，可以几个核一起做么
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知识总是多的学不完，但是真的艺不压身。
1楼 2014-08-25 10:49:10
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wbingxin2012

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
s1g2k3: 金币+2, ★有帮助 2014-08-28 13:56:25
SYBYL是可以并行计算的，但是不建议你用SYBYL做分子动力学，甚至说不建议你在图形界面下跑分子动力学，图形界面下跑的话一飞秒输出一帧，那个量太大了，很容易卡死
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2楼2014-08-27 10:54:21
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s1g2k3

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbingxin2012 at 2014-08-27 10:54:21
SYBYL是可以并行计算的，但是不建议你用SYBYL做分子动力学，甚至说不建议你在图形界面下跑分子动力学，图形界面下跑的话一飞秒输出一帧，那个量太大了，很容易卡死

那该怎么办呀，用哪个软件好，主要是不太会在linux上装软件
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知识总是多的学不完，但是真的艺不压身。
3楼2014-08-28 13:56:26
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wbingxin2012

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by s1g2k3 at 2014-08-28 13:56:26
那该怎么办呀，用哪个软件好，主要是不太会在linux上装软件...

分子动力学有专门的软件，AMBER、GROMAS，不同的体系也要用不同的软件，但是不会在Linux下装软件肯定是搞不定了，这些软件都需要懂一些Linux的命令，但是基本上来回就那几个命令来回敲，想学的话也简单。关键是软件的使用和结果分析这才是重点难点
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4楼2014-09-01 13:28:31
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