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chanyu1990

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 关于用BSSE校正 计算键离能的问题 已有1人参与

最近想计算一个物质,某个羟基的键离能,网上搜了很多,说是要考虑BSSE校正。不是太明白。
假如反应为   A=B•+C•
构建gif文件时应该有Counterpoise=2,然后后面电荷和多重度时,是不是要写三个(整体,片段A,片段B)
0 1;0 2;0 2。如果是的话,那么后面的原子坐标后面也要写上整数,表示片段1,片段2吧,那么请问,
这些是怎么加的呢,是用GV构造完后,保存为txt版后,手动加上的?如果这样的话,分子中的原子若是很多,
也要一个一个手动加上,岂不是容易弄错?
期待各位大神的回复!
网上某位博客的例子:
# MP2/6-31G Counterpoise=2 Opt
Counterpoise with Cartesian
0,1 <-整体、片段1、片段2的电荷和自旋多重度都一样,只需写一次即可。
1 0.00 0.00 0.92 1
9 0.17 0.00 2.73 2
1 0.77 0.00 3.43 2
9 0.00 0.00 0.00 1
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chanyu1990

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by dai_shen844 at 2014-08-23 21:42:55
GV里面有划分片段的选项,对应原子序号自己划分~我是这样做的,希望对楼主有帮助~

额,我都是直接在GV里画好片段,再生成.gif格式,用.txt打开,后面1,2手动加的。原子数多了就有点麻烦,请问,你是怎么在GV里直接划分的呢?
4楼2014-08-23 22:10:47
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dai_shen844

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
GV里面有划分片段的选项,对应原子序号自己划分~我是这样做的,希望对楼主有帮助~
潜心
3楼2014-08-23 21:42:55
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dai_shen844

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chanyu1990: 金币+10, ★★★很有帮助, 很感谢! 2014-08-24 16:28:10
引用回帖:
4楼: Originally posted by chanyu1990 at 2014-08-23 22:10:47
额,我都是直接在GV里画好片段,再生成.gif格式,用.txt打开,后面1,2手动加的。原子数多了就有点麻烦,请问,你是怎么在GV里直接划分的呢?...

GV中单击右键view——lables,单击右键edit——atom groups——gaussian fragment,剩下的就是对应原子划分片段了,因为有颜色显示,很好确认片段的正确和错误,自己慢慢试试就会了~省很多事
潜心
5楼2014-08-24 10:07:37
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chanyu1990

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by dai_shen844 at 2014-08-24 10:07:37
GV中单击右键view——lables,单击右键edit——atom groups——gaussian fragment,剩下的就是对应原子划分片段了,因为有颜色显示,很好确认片段的正确和错误,自己慢慢试试就会了~省很多事...

刚看了,真的很不错,谢谢了,还有一点向你请教一下,那个表后面的 unpaired spins 是什么意思,是表示单电子自旋方向吗?这个怎么判断呢?
6楼2014-08-24 16:31:30
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