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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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sakura01_22

木虫 (小有名气)

[求助] 蛋白质相互作用研究 蛋白A能pull-down蛋白B 反之检测不出

如题,在蛋白质相互作用研究中,IP检测,蛋白A能拉下蛋白B,但是蛋白B IP蛋白A时,检测不出。重复3遍左右,依然检测不出,希望哪位虫友能帮忙解答一下。是否存在相互作用只能单方面pull-down的情况,这种情况如何解释?
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sakura01_22(西门吹雪170代发): 金币+4, 鼓励回帖交流 2014-08-17 20:28:38
sakura01_22: 金币+2 2014-08-19 10:34:54
这种情况虽然少见,但却是可以出现的。具体到你的情况:
1、确证用A之抗体Co-IP B的真实性,具体说要有对照(同种属的control IgG对照)。
2、另选一种或几种B的抗体试一试。许多抗体并非适于IP实验,这时只能另选可能用的其他抗体。
3、用其他方法验证A-B间的相互作用(physical interaction),如GST pulldown assays等。
4、可以用mammalian two-hybrid assay在功能上(functional interaction)研究A-B间的相互作用。

Good luck!
3楼2014-08-17 12:11:30
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dingchaoyue

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sakura01_22(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-17 20:28:26
sakura01_22: 金币+2 2014-08-19 10:34:46
可否用pull-down的方法严重一下b是否可以拉下a?你的那种情况我们组里面有人也出现过那种情况,后来用纯化蛋白用pull down方法解决的,而不是用抗体。当然,还有可能那两蛋白不互作,有a拉b的假阳性。
蛋白互作能否用bifc方法来试试?

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-08-17 11:48:47
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sakura01_22

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dingchaoyue at 2014-08-17 11:48:47
可否用pull-down的方法严重一下b是否可以拉下a?你的那种情况我们组里面有人也出现过那种情况,后来用纯化蛋白用pull down方法解决的,而不是用抗体。当然,还有可能那两蛋白不互作,有a拉b的假阳性。
蛋白互作能否 ...

GST-pull down和BIFC摸索起来都挺费时间的,我本来想用体内试验证明一下二者有相互作用,谁知道出现这种诡异的情况,anyway,谢谢亲的回复!
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4楼2014-08-18 16:50:35
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sakura01_22

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ssssllllnnnn at 2014-08-17 12:11:30
这种情况虽然少见,但却是可以出现的。具体到你的情况:
1、确证用A之抗体Co-IP B的真实性,具体说要有对照(同种属的control IgG对照)。
2、另选一种或几种B的抗体试一试。许多抗体并非适于IP实验,这时只能另选 ...

谢谢亲的回复,重复过好几遍,确实是真实的,并非假阳性;抗体确实试用于IP,IB等,其余方法也考虑过,但因为在这个小课题上耽误太久,不想再浪费时间,想考虑下是否能从机制上讲清,谢谢交流!
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5楼2014-08-18 17:00:22
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