24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1904  |  回复: 5

转基因猴子

木虫 (正式写手)

[求助] 关于使用gromacs计算蛋白质中每个氨基酸的RMSD值随时间的变化 已有1人参与

使用NAMD可以将计算蛋白质每个氨基酸的RMSD值,并整合在一张图李。那使用gromacs可以得到同样的效果吗?NAMD计算作图后效果如图片所示。

关于使用gromacs计算蛋白质中每个氨基酸的RMSD值随时间的变化
捕获.JPG
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

我还年轻,我要上路!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)

没有人知道吗?
我还年轻,我要上路!
2楼2014-08-11 09:03:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
转基因猴子: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-08-11 21:43:11
转基因猴子: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2014-08-12 09:19:00
存下模拟构型的trajetory,计算RMSF即可,与模拟软件无关
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
3楼2014-08-11 21:30:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by polypro at 2014-08-11 21:30:44
存下模拟构型的trajetory,计算RMSF即可,与模拟软件无关

你好。我其实想做的是这样的图。是将RMSD值同时投射到氨基酸number和时间两个坐标上面去,在NAMD结合VMD中出来的就是上述的那种图,可以很清晰的看出不同。而不是单独计算每个氨基酸的RMSD值,这个我会。
我还年轻,我要上路!
4楼2014-08-11 21:42:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2014-08-11 21:42:59
你好。我其实想做的是这样的图。是将RMSD值同时投射到氨基酸number和时间两个坐标上面去,在NAMD结合VMD中出来的就是上述的那种图,可以很清晰的看出不同。而不是单独计算每个氨基酸的RMSD值,这个我会。...

你可以改一下数据文件格式,用VMD读入作图进行了,在不济用Matlab或Origin的矩阵作图法也能做出这图来
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-08-12 08:28:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by polypro at 2014-08-12 08:28:07
你可以改一下数据文件格式,用VMD读入作图进行了,在不济用Matlab或Origin的矩阵作图法也能做出这图来...

嗯,我试试。谢谢你的回答

[ 发自小木虫客户端 ]
我还年轻,我要上路!
6楼2014-08-12 09:18:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 转基因猴子 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 药学求调剂 +12 喽哈加油 2026-04-14 14/700 2026-04-15 23:49 by 陈皮皮
[考研] 271求调剂 +32 2261744733 2026-04-11 33/1650 2026-04-15 22:03 by noqvsozv
[考研] 085801电气专硕272求调剂 +19 电气李 2026-04-13 21/1050 2026-04-15 13:37 by 黑科技矿业
[考研] 一志愿中国科学院上海有机所,有机化学356分找调剂 +12 Nadiums 2026-04-09 13/650 2026-04-14 17:54 by lhj2009
[考研] 367求调剂 +11 hffQAQ 2026-04-09 11/550 2026-04-14 17:48 by lhj2009
[考研] 297求调剂 +23 ORCHID1 2026-04-10 26/1300 2026-04-14 13:52 by 陈皮皮
[考研] 生物学调剂,一志愿西南大学348,Top期刊一区二作、二区三作,三等奖学金三次 +5 candyyyi 2026-04-09 5/250 2026-04-13 09:02 by 可淡不可忘
[考研] 一志愿华工085600 331分 +7 天下ww 2026-04-09 7/350 2026-04-13 09:01 by lhj2009
[考研] 314求调剂 +24 wakeluofu 2026-04-09 25/1250 2026-04-13 08:58 by lhj2009
[考研] 344 材料专业 求调剂211 无地域要求 +8 hualkop 2026-04-11 8/400 2026-04-12 22:24 by fqwang
[硕博家园] 新一代电子信息294求调剂 不挑学校 +7 Ytyt11 2026-04-09 8/400 2026-04-12 16:57 by ajpv风雷
[考研] 求调剂,一志愿材料科学与工程985,365分, +8 材化李可 2026-04-11 10/500 2026-04-12 08:42 by 852137818
[考研] 求调剂 +11 翩翩一书生 2026-04-09 11/550 2026-04-11 19:57 by 逆水乘风
[考研] 调剂 +5 文道星台 2026-04-11 5/250 2026-04-11 15:01 by 凯凯要变帅
[考研] 农学0904 312求调剂 +6 Say Never 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:33 by wwj2530616
[考研] 085410-273求调剂 +6 X1999 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:32 by Delta2012
[考研] 农业管理302分求调剂 +3 xuening1 2026-04-10 3/150 2026-04-11 10:18 by zhq0425
[考研] 337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 08:57 by zhq0425
[考研] 346,工科0854求调剂,专硕 +7 moser233 2026-04-10 8/400 2026-04-11 08:52 by 猪会飞
[考研] 314求调剂 +18 xhhdjdjsjks 2026-04-09 19/950 2026-04-10 18:53 by HPUCZ
信息提示
请填处理意见