24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1906  |  回复: 5

转基因猴子

木虫 (正式写手)

[求助] 关于使用gromacs计算蛋白质中每个氨基酸的RMSD值随时间的变化 已有1人参与

使用NAMD可以将计算蛋白质每个氨基酸的RMSD值,并整合在一张图李。那使用gromacs可以得到同样的效果吗?NAMD计算作图后效果如图片所示。

关于使用gromacs计算蛋白质中每个氨基酸的RMSD值随时间的变化
捕获.JPG
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

我还年轻,我要上路!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)

没有人知道吗?
我还年轻,我要上路!
2楼2014-08-11 09:03:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
转基因猴子: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-08-11 21:43:11
转基因猴子: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2014-08-12 09:19:00
存下模拟构型的trajetory,计算RMSF即可,与模拟软件无关
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
3楼2014-08-11 21:30:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by polypro at 2014-08-11 21:30:44
存下模拟构型的trajetory,计算RMSF即可,与模拟软件无关

你好。我其实想做的是这样的图。是将RMSD值同时投射到氨基酸number和时间两个坐标上面去,在NAMD结合VMD中出来的就是上述的那种图,可以很清晰的看出不同。而不是单独计算每个氨基酸的RMSD值,这个我会。
我还年轻,我要上路!
4楼2014-08-11 21:42:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2014-08-11 21:42:59
你好。我其实想做的是这样的图。是将RMSD值同时投射到氨基酸number和时间两个坐标上面去,在NAMD结合VMD中出来的就是上述的那种图,可以很清晰的看出不同。而不是单独计算每个氨基酸的RMSD值,这个我会。...

你可以改一下数据文件格式,用VMD读入作图进行了,在不济用Matlab或Origin的矩阵作图法也能做出这图来
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-08-12 08:28:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by polypro at 2014-08-12 08:28:07
你可以改一下数据文件格式,用VMD读入作图进行了,在不济用Matlab或Origin的矩阵作图法也能做出这图来...

嗯,我试试。谢谢你的回答

[ 发自小木虫客户端 ]
我还年轻,我要上路!
6楼2014-08-12 09:18:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 转基因猴子 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 22专硕求调剂 +9 haoyun上岸 2026-04-11 11/550 2026-04-15 14:47 by elainzaizai
[考研] 调剂求收留 +34 果然有我 2026-04-10 35/1750 2026-04-15 13:05 by 西北望—风沙
[考研] 材料工程281还有调剂机会吗 +43 xaw. 2026-04-11 44/2200 2026-04-15 12:46 by 西北望—风沙
[考研] 材料专业344求调剂 +17 hualkop 2026-04-10 22/1100 2026-04-14 16:21 by sxdj2
[考研] 366求调剂 +11 不知名的小卅 2026-04-11 11/550 2026-04-14 15:50 by zs92450
[考研] 071000生物学调剂求助 +18 zzzzwww 2026-04-09 21/1050 2026-04-14 15:39 by zs92450
[考研] 求调剂 +20 MAX怅惘 2026-04-09 22/1100 2026-04-14 14:57 by 独醉梦孤城
[考研] 人工智能320调剂08工类还有机会吗 +18 振—TZ 2026-04-10 19/950 2026-04-14 10:34 by screening
[考研] 一志愿哈工大 085600 277 12材科基求调剂 5+5 chenny174 2026-04-10 37/1850 2026-04-14 07:39 by Abskk
[考研] 一志愿085802 323分求调剂 +13 drizzle_9 2026-04-12 14/700 2026-04-13 10:26 by Faiz5552
[考研] 314求调剂 +24 wakeluofu 2026-04-09 25/1250 2026-04-13 08:58 by lhj2009
[考研] 电气专硕320求调剂 +6 小麻子111 2026-04-10 6/300 2026-04-12 10:54 by lemon6009
[考研] 一志愿华中农微生物,288分,三年实验经历 +11 代fish 2026-04-09 11/550 2026-04-12 10:21 by Hayaay
[考研] 085400 328分 求调剂 +10 喂你一个大橙子 2026-04-09 14/700 2026-04-11 19:53 by lqspecial
[考研] 调剂 +19 小张ZA 2026-04-10 20/1000 2026-04-10 22:08 by 猪会飞
[考研] 中科院总分315求调剂 +8 lallalh 2026-04-09 8/400 2026-04-10 19:30 by dick_runner
[考研] 一志愿矿大,材料工程专硕314分,0856可调都可以 +15 无懈可击的巨人 2026-04-09 15/750 2026-04-10 18:10 by hmn_wj
[考研] 085800 能源动力求调剂 +6 阿biu啊啊啊啊啊 2026-04-10 6/300 2026-04-10 15:03 by hemengdong
[考研] 344求调剂 +7 丶风雪夜归人丶 2026-04-09 7/350 2026-04-10 12:05 by pengliang8036
[考研] 292求调剂 +9 笑笑袁 2026-04-09 9/450 2026-04-10 10:05 by LHGeng
信息提示
请填处理意见