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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于使用gromacs计算蛋白质中每个氨基酸的RMSD值随时间的变化
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

[求助] 关于使用gromacs计算蛋白质中每个氨基酸的RMSD值随时间的变化 已有1人参与

使用NAMD可以将计算蛋白质每个氨基酸的RMSD值，并整合在一张图李。那使用gromacs可以得到同样的效果吗？NAMD计算作图后效果如图片所示。

关于使用gromacs计算蛋白质中每个氨基酸的RMSD值随时间的变化
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我还年轻，我要上路！
1楼 2014-08-10 09:24:04
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
转基因猴子: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-08-11 21:43:11
转基因猴子: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2014-08-12 09:19:00
存下模拟构型的trajetory,计算RMSF即可，与模拟软件无关
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
3楼2014-08-11 21:30:44
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by polypro at 2014-08-11 21:30:44
存下模拟构型的trajetory,计算RMSF即可，与模拟软件无关

你好。我其实想做的是这样的图。是将RMSD值同时投射到氨基酸number和时间两个坐标上面去，在NAMD结合VMD中出来的就是上述的那种图，可以很清晰的看出不同。而不是单独计算每个氨基酸的RMSD值，这个我会。
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我还年轻，我要上路！
4楼2014-08-11 21:42:59
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polypro

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2014-08-11 21:42:59
你好。我其实想做的是这样的图。是将RMSD值同时投射到氨基酸number和时间两个坐标上面去，在NAMD结合VMD中出来的就是上述的那种图，可以很清晰的看出不同。而不是单独计算每个氨基酸的RMSD值，这个我会。...

你可以改一下数据文件格式，用VMD读入作图进行了，在不济用Matlab或Origin的矩阵作图法也能做出这图来
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-08-12 08:28:07
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by polypro at 2014-08-12 08:28:07
你可以改一下数据文件格式，用VMD读入作图进行了，在不济用Matlab或Origin的矩阵作图法也能做出这图来...

嗯，我试试。谢谢你的回答

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我还年轻，我要上路！
6楼2014-08-12 09:18:36
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