应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于使用gromacs计算蛋白质中每个氨基酸的RMSD值随时间的变化
51/1返回列表
查看: 1857  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)

[求助] 关于使用gromacs计算蛋白质中每个氨基酸的RMSD值随时间的变化 已有1人参与

使用NAMD可以将计算蛋白质每个氨基酸的RMSD值，并整合在一张图李。那使用gromacs可以得到同样的效果吗？NAMD计算作图后效果如图片所示。

关于使用gromacs计算蛋白质中每个氨基酸的RMSD值随时间的变化
捕获.JPG
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
我还年轻，我要上路！
1楼 2014-08-10 09:24:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2014-08-11 21:42:59
你好。我其实想做的是这样的图。是将RMSD值同时投射到氨基酸number和时间两个坐标上面去，在NAMD结合VMD中出来的就是上述的那种图，可以很清晰的看出不同。而不是单独计算每个氨基酸的RMSD值，这个我会。...

你可以改一下数据文件格式，用VMD读入作图进行了，在不济用Matlab或Origin的矩阵作图法也能做出这图来
赞一下 回复此楼
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-08-12 08:28:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
转基因猴子: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-08-11 21:43:11
转基因猴子: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2014-08-12 09:19:00
存下模拟构型的trajetory,计算RMSF即可，与模拟软件无关
赞一下 回复此楼
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
3楼2014-08-11 21:30:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by polypro at 2014-08-11 21:30:44
存下模拟构型的trajetory,计算RMSF即可，与模拟软件无关

你好。我其实想做的是这样的图。是将RMSD值同时投射到氨基酸number和时间两个坐标上面去，在NAMD结合VMD中出来的就是上述的那种图，可以很清晰的看出不同。而不是单独计算每个氨基酸的RMSD值，这个我会。
赞一下 回复此楼
我还年轻，我要上路！
4楼2014-08-11 21:42:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by polypro at 2014-08-12 08:28:07
你可以改一下数据文件格式，用VMD读入作图进行了，在不济用Matlab或Origin的矩阵作图法也能做出这图来...

嗯，我试试。谢谢你的回答

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
我还年轻，我要上路！
6楼2014-08-12 09:18:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿郑大材料学硕298分，求调剂 +5 wsl111 2026-03-01 5/250 2026-03-01 23:45 by 暮雨星晴
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-01 5/250 2026-03-01 23:31 by L135790
[考研] 0854复试调剂 276 +3 wmm9 2026-03-01 3/150 2026-03-01 23:13 by 热情沙漠
[考研] 275求调剂 +3 明远求学 2026-03-01 3/150 2026-03-01 22:29 by 刘兵
[考研] 材料类求调剂 +10 wana_kiko 2026-02-28 12/600 2026-03-01 22:10 by 海嵙Y
[考研] 0805总分292，求调剂 +7 幻想之殇 2026-03-01 7/350 2026-03-01 21:22 by 公瑾逍遥
[考研] 299求调剂 +3 Y墨明棋妙Y 2026-02-28 5/250 2026-03-01 21:01 by tangxiaotian
[考研] 0856化工专硕求调剂 +12 董boxing 2026-03-01 12/600 2026-03-01 19:45 by 材子momo
[考研] 298求调剂 +6 axyz3 2026-02-28 6/300 2026-03-01 19:00 by 18137688336
[考研] 295求调剂 +7 19171856320 2026-02-28 7/350 2026-03-01 18:54 by 18137688336
[考博] 26申博 +4 想申博！ 2026-02-26 6/300 2026-03-01 17:32 by 想申博！
[考研] 328求调剂 +3 aaadim 2026-03-01 5/250 2026-03-01 17:29 by njzyff
[考研] 化工专硕348，一志愿985求调剂 +5 弗格个 2026-02-28 8/400 2026-03-01 17:25 by sunny81
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-02-28 7/350 2026-03-01 15:14 by wjLi2017
[考研] 材料工程274求调剂 +3 Lilithan 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:58 by ms629
[考研] 295复试调剂 +3 简木ChuFront 2026-03-01 3/150 2026-03-01 14:27 by zzxw520th
[考研] 材料284求调剂，一志愿郑州大学英一数二专硕 +10 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:12 by yc258
[考研] 302材料工程求调剂 +4 Doleres 2026-03-01 5/250 2026-03-01 11:52 by liqiongjy
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
[硕博家园] 【博士招生】太原理工大学2026化工博士 +4 N1ce_try 2026-02-24 8/400 2026-02-26 08:40 by N1ce_try
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭