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whhj1030

金虫 (小有名气)

[求助] 基因非翻译区(UTR)的分布和功能预测 已有1人参与

有对 基因非翻译区(UTR)的分布和功能预测  的软件吗???
谢谢
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

实际上预测真核基因的结构有很多种预测方法和免费的网站。
具体请参见:
薛庆中 等编著,DNA和蛋白质序列数据分析工具,科学出版社,2012,第三版,25-39,第2章 真核基因结构的预测,其中有GENSCAN(针对基因组DNA序列预测可读框和基因结构): http://genes.mit.edu/GENSCAN.html  的操作介绍,还有CpGplot(CpG岛预测): http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html  ,PromoterScan(启动子区域i预测): http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan  的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性,CodonW 能够在Windows系统下运行,可以从http://codonw.sourcerforge.net  下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org  进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能,或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能,Genecards http://www.genecards.org  .

生物信息学参考书:
1.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank
下载后即可阅读。
2.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版)
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank
下载后好像无法解压,楼主试试看吧,至少“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”肯定能够用。
“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”都是讲的生物信息学数据库和生物信息学软件的具体应用,很容易看懂并且自己上手操作,不过没有讲述各种算法的原理。
6楼2014-08-07 10:55:06
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
whhj1030: 金币+5 2014-08-07 10:14:35
2楼2014-08-07 09:59:18
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
whhj1030: 金币+5 2014-08-07 10:14:39
More MicroRNA target prediction tools.
http://www.exiqon.com/microrna-target-prediction
3楼2014-08-07 10:02:13
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whhj1030

金虫 (小有名气)

非常感谢ssssllllnnnn
4楼2014-08-07 10:15:00
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