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基因非翻译区（UTR）的分布和功能预测 已有1人参与
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有对 基因非翻译区（UTR）的分布和功能预测 的软件吗？？？ 谢谢 |
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2楼2014-08-07 09:59:18
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whhj1030: 金币+5 2014-08-07 10:14:39
whhj1030: 金币+5 2014-08-07 10:14:39
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More MicroRNA target prediction tools. http://www.exiqon.com/microrna-target-prediction |
3楼2014-08-07 10:02:13
4楼2014-08-07 10:15:00
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这就是真核基因结构的预测问题，可用的软件很多，比如：GENESCAN:http://genes.mit.edu.GENESCAN.html,CpGPlot:http://www.ebi.ac.uk.emboss/cpgplot/index.html,也可以用CodonW,DNAstar. 具体软件用法请见：薛庆中 等，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012年，第三版，25-39. 下载处： 1.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版） http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763 2.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121 |
5楼2014-08-07 10:45:57
凌波丽
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实际上预测真核基因的结构有很多种预测方法和免费的网站。 具体请参见： 薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，其中有GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html 的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html ,PromoterScan（启动子区域i预测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan 的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net 下载。 基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org 进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org . 生物信息学参考书： 1.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank 下载后即可阅读。 2.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版） http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank 下载后好像无法解压，楼主试试看吧，至少“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”肯定能够用。 “DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”都是讲的生物信息学数据库和生物信息学软件的具体应用，很容易看懂并且自己上手操作，不过没有讲述各种算法的原理。 |
6楼2014-08-07 10:55:06
7楼2014-08-07 11:28:44
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，有很多问题，没有人问，我也不会去想去查询。8楼2014-08-07 11:51:21
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