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胡琴HuQin

新虫 (小有名气)

[求助] 自己设计了一对较完美的引物,为什么却始终跑不出条带呢? 已有7人参与

前段时间,我在Primer上设计的引物,上游为:5-GATGTAGTTATGGTGCTTAGACGC-3.下游引物:5-ACGAACCAGCCATTGACG-3,引物合成单上显示上游引物TM值为55.7度,下游因为TM值为50.9度。我设置的温度梯度从43℃~60℃,但均未跑出条带。但用我同学在同一毒株上设计的引物则能跑出条带。能排除的原因我都排除了,现在真不知道问题出在哪里?恳请各位亲帮我分析分析,提提建议,我实在没有办法了!我在此谢谢大家了!
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guang0ying

新虫 (初入文坛)

最近PCR也没跑出来,快崩了,在丁香园求助,一个星期都没人理。

提取的BMSCs细胞RNA,目的基因VEGF,跑了几次PCR都没有条带,借用已知没问题的CDNA来PCR,紫外下看不到条带,上机后条带如下:

胶没配好,所有MARKER不清楚,左右5个条带是两种CDNA的条带,设计了梯度退火温度,从左到右退火温度48-58.虽然不清楚,单确实是300左右目的基因的条带。
怀疑自己提的RNA及CDNA有问题,所以又跑了RNA电泳。如下图:

请问最前面模糊的条带是5s吗?最近的条带是DNA污染?RNA质量如何?
另:为什么借用CDNA来PCR,跨度10度的退火温度,PCR条带仍然没什么变化?仍然很淡?怎么调整?
多谢!
自己设计了一对较完美的引物,为什么却始终跑不出条带呢?
已知CDNA后PCR图.jpg


自己设计了一对较完美的引物,为什么却始终跑不出条带呢?-1
6-10RNA.jpg

22楼2014-08-08 11:16:34
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
胡琴HuQin(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-06 09:22:24
1、感觉你这对引物很容易形成二聚体。
2、设计引物时有没有把反向引物顺序弄反了(应该是互补链的顺序)?
2楼2014-08-06 07:47:08
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胡琴HuQin

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ssssllllnnnn at 2014-08-06 07:47:08
1、感觉你这对引物很容易形成二聚体。
2、设计引物时有没有把反向引物顺序弄反了(应该是互补链的顺序)?

这是引物设计的截图。我应该没有弄错顺序~
自己设计了一对较完美的引物,为什么却始终跑不出条带呢?-2
引物设计图片.png

3楼2014-08-06 09:47:27
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wszl666

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
胡琴HuQin: 金币+1 2014-08-07 21:33:11
没啥纠结的,换引物试试,换酶都可以,换条件
基因敲除
4楼2014-08-06 10:47:10
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