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bjyxffj

新虫 (小有名气)

[求助] 计算化学中的towhee问题 已有1人参与

请问towhee中写力场文件, 其中的Nonbond Coefficients是什么处理的,我该如何判断有几种非键系数,以及如何得出它们对应的值?
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043114076

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by bjyxffj at 2014-07-31 21:20:31
我要算某物质和CO2的气液平衡,用gibbs-nvt系综,我看见towhee文件中Gibbs的例子中的input文件,我不知道如何弄,一点头绪也没有,例子中设有两个numboxes,却只有一个力场文件,那我算气液平衡,是不是用两个numb ...

这个问题我不知该如何回答你,感觉你太着急了,想一下子把所有东西都弄懂。
建议多学习一下towhee自带的例子,不要只盯着一个例子看。自己运行一下它的例子,逐渐尝试着去修改。遇到不明白的地方,查看手册,绝大多数问题都可以得到解决。
5楼2014-08-01 14:02:48
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我没有太明白你的意思。手册中已经写了关于力场参数的定义。关于Nonbond Coefficients,手册中说:
The number of nonbonded coefficients depends upon the classical_potential.
打开 classical_potential链接可以看到不同力场类型中不同参数的定义,以L-J势为例,手册定义是:
If the two atoms are separated by more than 3 bonds, or are on different molecules then
Unonbond = 4 * nbcoeff(2) * [ (nbcoeff(1)/r)12 - (nbcoeff(1)/r)6 ]
else if the two atoms are separated by exactly 3 bonds then
Unonbond = 4 * nbcoeff(4) * [ (nbcoeff(3)/r)12 - (nbcoeff(3)/r)6 ]
第一个式子定义了Nonbond Coefficients中前两个参数,第二个式子定义后两个参数。具体意义你自己看。
2楼2014-07-30 09:11:51
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bjyxffj

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2014-07-30 09:11:51
我没有太明白你的意思。手册中已经写了关于力场参数的定义。关于Nonbond Coefficients,手册中说:
The number of nonbonded coefficients depends upon the classical_potential.
打开 classical_potential链接 ...

我弄明白了,你也说的对,我所用的力场参数是从tinker里面转化而来,一个单位是kcal/mol,一个是K。所以刚开始没明白。现在刚刚写好我要弄得物质的ff文件,马上弄input文件,又有很多不明白的地方。
请问算nvt系综,他的numboxes 设置为2 ,分子数是260 40 。这里为什么要分开设,而不可像npt一样设一个盒子
3楼2014-07-31 21:11:38
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bjyxffj

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2014-07-30 09:11:51
我没有太明白你的意思。手册中已经写了关于力场参数的定义。关于Nonbond Coefficients,手册中说:
The number of nonbonded coefficients depends upon the classical_potential.
打开 classical_potential链接 ...

我要算某物质和CO2的气液平衡,用gibbs-nvt系综,我看见towhee文件中Gibbs的例子中的input文件,我不知道如何弄,一点头绪也没有,例子中设有两个numboxes,却只有一个力场文件,那我算气液平衡,是不是用两个numboxes,和路径写两个立场文件,请问你有类似算气液平衡的例子的input文件可以借鉴吗?万分感谢,感觉好多地方不知道如何修改成我需要的input文件
4楼2014-07-31 21:20:31
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