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bjyxffj新虫 (小有名气)
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计算化学中的towhee问题 已有1人参与
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| 请问towhee中写力场文件， 其中的Nonbond Coefficients是什么处理的，我该如何判断有几种非键系数，以及如何得出它们对应的值？ |
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043114076
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【答案】应助回帖
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我没有太明白你的意思。手册中已经写了关于力场参数的定义。关于Nonbond Coefficients，手册中说： The number of nonbonded coefficients depends upon the classical_potential. 打开 classical_potential链接可以看到不同力场类型中不同参数的定义，以L-J势为例，手册定义是： If the two atoms are separated by more than 3 bonds, or are on different molecules then Unonbond = 4 * nbcoeff(2) * [ (nbcoeff(1)/r)12 - (nbcoeff(1)/r)6 ] else if the two atoms are separated by exactly 3 bonds then Unonbond = 4 * nbcoeff(4) * [ (nbcoeff(3)/r)12 - (nbcoeff(3)/r)6 ] 第一个式子定义了Nonbond Coefficients中前两个参数，第二个式子定义后两个参数。具体意义你自己看。 |
2楼2014-07-30 09:11:51
bjyxffj
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3楼2014-07-31 21:11:38
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4楼2014-07-31 21:20:31
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5楼2014-08-01 14:02:48
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高手，知道这是什么原因造成的吗？ Verifying input structures are consistent Determining CBMC bond distributions for molecule type 1 for molecule type 2 Determining Autofit Gaussian bend A parameters Determining Autofit Gaussian bend B parameters ATD_CBMC_SETUP: insufficient extrema found for bends imolty,iunit,ibend 1 2 1 nextrema: 0 我弄了好久了，我写其他的都能运行，写这个pf6-（阴离子）加个na+（阳离子）按照nacl的例子写，运行就出现这问题，知道就回我哦，谢了！！！ |
6楼2014-08-16 21:14:29
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7楼2014-08-18 08:39:14
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