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bjyxffj

新虫 (小有名气)

[求助] 计算化学中的towhee问题 已有1人参与

请问towhee中写力场文件， 其中的Nonbond Coefficients是什么处理的，我该如何判断有几种非键系数，以及如何得出它们对应的值？
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1楼 2014-07-29 10:48:00
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我没有太明白你的意思。手册中已经写了关于力场参数的定义。关于Nonbond Coefficients，手册中说：
The number of nonbonded coefficients depends upon the classical_potential.
打开 classical_potential链接可以看到不同力场类型中不同参数的定义，以L-J势为例，手册定义是：
If the two atoms are separated by more than 3 bonds, or are on different molecules then
Unonbond = 4 * nbcoeff(2) * [ (nbcoeff(1)/r)12 - (nbcoeff(1)/r)6 ]
else if the two atoms are separated by exactly 3 bonds then
Unonbond = 4 * nbcoeff(4) * [ (nbcoeff(3)/r)12 - (nbcoeff(3)/r)6 ]
第一个式子定义了Nonbond Coefficients中前两个参数，第二个式子定义后两个参数。具体意义你自己看。
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2楼2014-07-30 09:11:51
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bjyxffj

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2014-07-30 09:11:51
我没有太明白你的意思。手册中已经写了关于力场参数的定义。关于Nonbond Coefficients，手册中说：
The number of nonbonded coefficients depends upon the classical_potential.
打开 classical_potential链接 ...

我弄明白了，你也说的对，我所用的力场参数是从tinker里面转化而来，一个单位是kcal/mol，一个是K。所以刚开始没明白。现在刚刚写好我要弄得物质的ff文件，马上弄input文件，又有很多不明白的地方。
请问算nvt系综，他的numboxes 设置为2 ，分子数是260 40 。这里为什么要分开设，而不可像npt一样设一个盒子
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3楼2014-07-31 21:11:38
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bjyxffj

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2014-07-30 09:11:51
我没有太明白你的意思。手册中已经写了关于力场参数的定义。关于Nonbond Coefficients，手册中说：
The number of nonbonded coefficients depends upon the classical_potential.
打开 classical_potential链接 ...

我要算某物质和CO2的气液平衡，用gibbs-nvt系综，我看见towhee文件中Gibbs的例子中的input文件，我不知道如何弄，一点头绪也没有，例子中设有两个numboxes，却只有一个力场文件，那我算气液平衡，是不是用两个numboxes，和路径写两个立场文件，请问你有类似算气液平衡的例子的input文件可以借鉴吗？万分感谢，感觉好多地方不知道如何修改成我需要的input文件
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4楼2014-07-31 21:20:31
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043114076

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by bjyxffj at 2014-07-31 21:20:31
我要算某物质和CO2的气液平衡，用gibbs-nvt系综，我看见towhee文件中Gibbs的例子中的input文件，我不知道如何弄，一点头绪也没有，例子中设有两个numboxes，却只有一个力场文件，那我算气液平衡，是不是用两个numb ...

这个问题我不知该如何回答你，感觉你太着急了，想一下子把所有东西都弄懂。
建议多学习一下towhee自带的例子，不要只盯着一个例子看。自己运行一下它的例子，逐渐尝试着去修改。遇到不明白的地方，查看手册，绝大多数问题都可以得到解决。
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5楼2014-08-01 14:02:48
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bjyxffj

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 043114076 at 2014-08-01 14:02:48
这个问题我不知该如何回答你，感觉你太着急了，想一下子把所有东西都弄懂。
建议多学习一下towhee自带的例子，不要只盯着一个例子看。自己运行一下它的例子，逐渐尝试着去修改。遇到不明白的地方，查看手册，绝大 ...

高手，知道这是什么原因造成的吗？

Verifying input structures are consistent
Determining CBMC bond distributions
     for molecule type     1
     for molecule type     2
Determining Autofit Gaussian bend A parameters
Determining Autofit Gaussian bend B parameters
ATD_CBMC_SETUP: insufficient extrema found for bends
imolty,iunit,ibend           1           2           1
nextrema:           0

我弄了好久了，我写其他的都能运行，写这个pf6-（阴离子）加个na+（阳离子）按照nacl的例子写，运行就出现这问题，知道就回我哦，谢了！！！
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6楼2014-08-16 21:14:29
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bjyxffj

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by bjyxffj at 2014-08-16 21:14:29
高手，知道这是什么原因造成的吗？

Verifying input structures are consistent
Determining CBMC bond distributions
     for molecule type     1
     for molecule type     2
Determining Autofit G ...

好吧，自己搞定了~~~
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7楼2014-08-18 08:39:14
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