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mengsk

金虫 (著名写手)

[交流] H和烷基链的给电子能力已有2人参与

H和烷基链的给电子能力:
H, methyl, ethyl, hexyl, isopropyl,问了一下搞有机化学的人,都说给电子能力依次增强。
但最近我用gaussian B3LYP/6-31G(d,p) 算了一下NBO,得到的给电子能力顺序为:
hexyl=isopropyl<ethyl<methyl<H
顺序正好颠倒过来,请高手解释一下,谢谢啦!

如果计算方法有问题,请给个可以正确模拟该规律的方法和基组。
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奋斗中的小木虫
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mengsk

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-07-19 20:29:29
判断H和烷基链的给电子能力,实际上是比较它们的电负性,电负性小则给电子能力大。这在许多年前量子化学计算还高不可攀时,有大量人工计算基团电负性的工作,比较它们的电负性。现在量子化学计算普及了,算一个分子 ...

我做过分子不同激发态的电子密度差,不同激发态时,分子中各个原子核的位置不变,只是电子密度发生变化;然而,换了不同的取代基,原子和坐标都发生变化,这是还是用同样的方法做电子密度差吗?两个分子的cube文件,相减,是这样吗?还是有别的数学处理?谢谢!
奋斗中的小木虫
3楼2014-07-21 11:22:13
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mengsk

金虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-07-21 14:30:57
换了不同的取代基,原子和坐标都发生了变化,现在是包含了不同的取代基的分子,要重新计算、重新作密度差,各自独立。但可以将密度差相互比较。

比如我要比较这两个分子:
1. backbone-H
2. backbone-CH3

按您的说法应该比较1和2的密度差。
我的疑问是,如何做出1的密度差,和2的密度差?
就拿1来说吧,是将1的哪两个电子密度进行相减呢?
谢谢!
奋斗中的小木虫
5楼2014-07-21 15:26:04
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mengsk

金虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-07-21 17:52:09
就拿1来说吧,是将1的 backbone-H的电子密度,分别减去 backbone和H的电子密度,得到电子密度差。
这种电子密度差在multiwfn中是用计算时分别得到的各个wfn文件相减完成的。

计算时要注意:
backbone和H分别取 ...

中国良心啊,国人都这么搞科研的话还能落后吗!
又回过头来看了自己的帖子,版主的耐心和渊博,不仅解决了我目前遇到的实际问题,更拓宽了我的见识,谢谢版主!
奋斗中的小木虫
8楼2014-07-22 14:08:56
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mengsk

金虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-07-21 17:52:09
就拿1来说吧,是将1的 backbone-H的电子密度,分别减去 backbone和H的电子密度,得到电子密度差。
这种电子密度差在multiwfn中是用计算时分别得到的各个wfn文件相减完成的。

计算时要注意:
backbone和H分别取 ...

按照你的方法可以做出电子密度差图。
请问IOP(6/7=3)是什么指令,为什么在gaussian IOP中找不到啊?
还有,我想算一个F原子的,应该使用哪个指令?
奋斗中的小木虫
9楼2014-07-23 11:06:57
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mengsk

金虫 (著名写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by zhou2009 at 2014-07-23 12:30:53
算一个F原子,还是要加IOP(6/7=3),算单个原子都要加。

算F原子,不可加nosymm来定位。因为F有P电子,加了nosymm,即不做对称性分析,F的P电子取向将不在坐标xyz的方向上,对进一步做电子密度差会有问题。比如算 ...

哦,看来F还是比较复杂,当体系是多F取代的话,坐标就难以控制了。
奋斗中的小木虫
11楼2014-07-24 11:05:41
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