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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 关于高斯寻找过渡态，跪求各位大神指点啊
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植物人的米

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于高斯寻找过渡态，跪求各位大神指点啊已有3人参与

那个，关于环己酮和芳香醛的Aldol反应，要求寻找他的过渡态，该怎么去弄呢？对于高斯，我基本不会啊，说是先要寻找基态，写出反应机理，那他的反应机理又是什么呢？真真的完全没头绪啊，跪求大神给予指点啊，指指路之类的就好了，多谢多谢
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1楼2014-07-14 01:23:58
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戴世杰

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
高斯只能做基元反应过渡态寻找，建议用qst2方法。可以查查机理书，自己设计反应物和产物，推荐关键字opt=(qst2, calcfc)

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2楼2014-07-14 07:07:55
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植物人的米

新虫 (初入文坛)
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2楼: Originally posted by 戴世杰 at 2014-07-14 07:07:55
高斯只能做基元反应过渡态寻找，建议用qst2方法。可以查查机理书，自己设计反应物和产物，推荐关键字opt=(qst2, calcfc)

qst2这个方法我知道，只是不知道该如何开始，是不是先画出环己酮和芳香醛，然后给每个原子编号，然后就可以算了么？可是该如何寻找基态呢？请问方便留个QQ之类的么？实在是不太会啊，谢谢
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3楼2014-07-14 10:18:39
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
寻找过渡态必须用反应物和产物的稳定基态结构来做。
你可以从以下几步开始：
如何画分子？ google “gaussview 教程”
如何算基态和过渡态？ google “gaussian opt”，点进去，把它看完。
完全不懂高斯？google “高斯计算基础教程”
反应机理？ google "羟醛反应"

或者：
觉得太复杂？挂个作者找别人帮你算
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4楼2014-07-14 11:53:57
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戴世杰

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-07-14 11:53:57
寻找过渡态必须用反应物和产物的稳定基态结构来做。
你可以从以下几步开始：
如何画分子？ google “gaussview 教程”
如何算基态和过渡态？ google “gaussian opt”，点进去，把它看完。
完全不懂高斯？googl ...

做过渡态寻找一定不能用稳定的反应物产物结构，因为高斯不知到优化的方向

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5楼2014-07-14 13:30:52
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戴世杰

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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3楼: Originally posted by 植物人的米 at 2014-07-14 10:18:39
qst2这个方法我知道，只是不知道该如何开始，是不是先画出环己酮和芳香醛，然后给每个原子编号，然后就可以算了么？可是该如何寻找基态呢？请问方便留个QQ之类的么？实在是不太会啊，谢谢...

对于一个基元反应，我一般在高斯view里面画出产物的结构，然后复制粘贴就得到两个分子的文件，修改编号为1的文件，这就得到反应物分子。要说的是，反应物和产物一定不能优化，不然很容易出错。

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6楼2014-07-14 13:43:44
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 戴世杰 at 2014-07-14 13:30:52
做过渡态寻找一定不能用稳定的反应物产物结构，因为高斯不知到优化的方向
...

是这样的么？难道反应物产物构型不需要先优化？那这样随便画个结构很容易跑偏的啊
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7楼2014-07-14 13:47:29
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戴世杰

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-07-14 13:47:29
是这样的么？难道反应物产物构型不需要先优化？那这样随便画个结构很容易跑偏的啊...

就这个问题，有过争论。我觉得不做优化好，并且能加快计算速度。就像在在峰谷，哪里才是向上攀登的方向。

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8楼2014-07-14 13:58:37
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 戴世杰 at 2014-07-14 13:58:37
就这个问题，有过争论。我觉得不做优化好，并且能加快计算速度。就像在在峰谷，哪里才是向上攀登的方向。
...

这样的话我觉得可以先优化，之后根据反应的方向去微调结构，然后用于寻找过渡态，这样也不会跑太偏，像LZ这个反应知道机理的话反应历程还是可以猜出一二的
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9楼2014-07-14 14:07:19
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戴世杰

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-07-14 14:07:19
这样的话我觉得可以先优化，之后根据反应的方向去微调结构，然后用于寻找过渡态，这样也不会跑太偏，像LZ这个反应知道机理的话反应历程还是可以猜出一二的...

我同意优化后微调结构

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10楼2014-07-14 14:12:53
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