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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 酰胺基形成氢键问题
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零等级

木虫 (职业作家)

[求助] 酰胺基形成氢键问题 已有1人参与

做的小分子与蛋白质作用，小分子中有个酰胺基（-CO-NH-），而且O和H同时与附近残基形成了氢键，不知道这种情况可能吗？
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1楼 2014-07-11 17:05:06
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-16 16:28:15
做径向分布函数图看看O---H大概间距多少，如果在常见氢键范围，很有可能存在氢键作用；或许还可以考虑N---H作用

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2014-07-13 07:41:08
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零等级

木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-13 07:41:08
做径向分布函数图看看O---H大概间距多少，如果在常见氢键范围，很有可能存在氢键作用；或许还可以考虑N---H作用

你的意思是只要满足氢键形成的条件，就能 同 时 形成是吗？这是通过软件模拟出来的，如果不行那怎么解释？软件识别的问题？
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3楼2014-07-13 10:43:45
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
3楼: Originally posted by 零等级 at 2014-07-13 10:43:45
你的意思是只要满足氢键形成的条件，就能 同 时 形成是吗？这是通过软件模拟出来的，如果不行那怎么解释？软件识别的问题？...

满足一定间距应该是可能存在氢键吧
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2014-07-14 08:58:03
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
零等级: 金币+20, ★★★很有帮助 2014-07-16 08:24:59
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-16 16:28:32
类似于主链氢键，如果距离，角度合适的话有可能
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
5楼2014-07-15 08:32:14
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零等级

木虫 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-14 08:58:03
满足一定间距应该是可能存在氢键吧...

恩 非常感谢
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6楼2014-07-17 10:35:42
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