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lusostty

金虫 (小有名气)

[求助] 【动力学-扩散】关于模拟X时间 舍弃前Y时间的理解 已有2人参与

关于扩散系数的模拟

很多文献都是这样描述的:例如,模拟进行了1000ps,前200ps-1000ps的动力学构型计算扩散系数

我之前的做法是:直接进行1000ps的动力学模拟,得到一串数据,取其中200ps-1000ps进行线性拟合,计算扩散系数。虽然相关性还不错,但这条直线应该是不过原点的。

今天忽然想起来这种方法应该值得商榷,会不会是这样的:先进行200ps的模拟,然后在此基础上(current)进行800ps的模拟,这样得到的MSD~T线性拟合应该是过原点的

以上 两种方法哪一种正确,或者都存在问题?

谢谢
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by lusostty at 2014-07-12 12:26:29
那如果计算扩散系数呢?如果取中间段MSD数据  它也是不过原点的 那怎么办...

根据爱因斯坦方程,求出直线的斜率即可。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
11楼2014-07-12 12:28:02
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普通回帖

lusostty

金虫 (小有名气)

自己顶帖 :
2楼2014-07-10 16:29:30
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
对于Dc计算,前200ps是用于消除初始的人为因素干扰的。理论上讲,Dc是动态平衡值,与初始点的选取无关。
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
3楼2014-07-11 08:03:17
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
个人认为,两种方法计算均方位移的时候,都应该取中间时间段的数据。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
4楼2014-07-11 08:41:11
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lusostty

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-11 08:41:11
个人认为,两种方法计算均方位移的时候,都应该取中间时间段的数据。

那拟合的直线方程 就不会过原点了  总觉得这样做似乎有点问题
5楼2014-07-11 09:49:11
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lusostty

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by polypro at 2014-07-11 08:03:17
对于Dc计算,前200ps是用于消除初始的人为因素干扰的。理论上讲,Dc是动态平衡值,与初始点的选取无关。

谢谢你的回复 我考察吸附量对扩散系数的影响 拟合的都是一条条不过原点的直线 这样具有可比性么?
6楼2014-07-11 09:51:14
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lusostty

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-11 08:41:11
个人认为,两种方法计算均方位移的时候,都应该取中间时间段的数据。

谢谢你的回复 我考察吸附量对扩散系数的影响 拟合的都是一条条不过原点的直线 这样具有可比性么?
7楼2014-07-11 09:52:04
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lusostty at 2014-07-11 09:52:04
谢谢你的回复 我考察吸附量对扩散系数的影响 拟合的都是一条条不过原点的直线 这样具有可比性么?...

文献上常直接比较MSD曲线

[ 发自小木虫客户端 ]
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
8楼2014-07-11 12:19:18
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lusostty

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-11 12:19:18
文献上常直接比较MSD曲线
...

那如果计算扩散系数呢?如果取中间段MSD数据  它也是不过原点的 那怎么办
9楼2014-07-12 12:26:29
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
9楼: Originally posted by lusostty at 2014-07-12 12:26:29
那如果计算扩散系数呢?如果取中间段MSD数据  它也是不过原点的 那怎么办...

为什么要求过原点呢?
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
10楼2014-07-12 12:27:23
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