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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 【动力学-扩散】关于模拟X时间 舍弃前Y时间的理解
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lusostty

金虫 (小有名气)

[求助] 【动力学-扩散】关于模拟X时间 舍弃前Y时间的理解 已有2人参与

关于扩散系数的模拟

很多文献都是这样描述的：例如，模拟进行了1000ps，前200ps-1000ps的动力学构型计算扩散系数

我之前的做法是：直接进行1000ps的动力学模拟，得到一串数据，取其中200ps-1000ps进行线性拟合，计算扩散系数。虽然相关性还不错，但这条直线应该是不过原点的。

今天忽然想起来这种方法应该值得商榷，会不会是这样的：先进行200ps的模拟，然后在此基础上（current）进行800ps的模拟，这样得到的MSD~T线性拟合应该是过原点的

以上 两种方法哪一种正确，或者都存在问题？

谢谢
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1楼 2014-07-10 12:11:35
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by lusostty at 2014-07-12 12:26:29
那如果计算扩散系数呢？如果取中间段MSD数据  它也是不过原点的 那怎么办...

根据爱因斯坦方程，求出直线的斜率即可。
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11楼2014-07-12 12:28:02
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普通回帖

lusostty

金虫 (小有名气)
自己顶帖 :
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2楼2014-07-10 16:29:30
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
对于Dc计算，前200ps是用于消除初始的人为因素干扰的。理论上讲，Dc是动态平衡值，与初始点的选取无关。
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
3楼2014-07-11 08:03:17
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
个人认为，两种方法计算均方位移的时候，都应该取中间时间段的数据。
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4楼2014-07-11 08:41:11
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lusostty

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-11 08:41:11
个人认为，两种方法计算均方位移的时候，都应该取中间时间段的数据。

那拟合的直线方程 就不会过原点了  总觉得这样做似乎有点问题
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5楼2014-07-11 09:49:11
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lusostty

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by polypro at 2014-07-11 08:03:17
对于Dc计算，前200ps是用于消除初始的人为因素干扰的。理论上讲，Dc是动态平衡值，与初始点的选取无关。

谢谢你的回复 我考察吸附量对扩散系数的影响 拟合的都是一条条不过原点的直线 这样具有可比性么？
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6楼2014-07-11 09:51:14
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lusostty

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-11 08:41:11
个人认为，两种方法计算均方位移的时候，都应该取中间时间段的数据。

谢谢你的回复 我考察吸附量对扩散系数的影响 拟合的都是一条条不过原点的直线 这样具有可比性么？
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7楼2014-07-11 09:52:04
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lusostty at 2014-07-11 09:52:04
谢谢你的回复 我考察吸附量对扩散系数的影响 拟合的都是一条条不过原点的直线 这样具有可比性么？...

文献上常直接比较MSD曲线

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8楼2014-07-11 12:19:18
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lusostty

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-07-11 12:19:18
文献上常直接比较MSD曲线
...

那如果计算扩散系数呢？如果取中间段MSD数据  它也是不过原点的 那怎么办
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9楼2014-07-12 12:26:29
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月只蓝

主管区长 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lusostty at 2014-07-12 12:26:29
那如果计算扩散系数呢？如果取中间段MSD数据  它也是不过原点的 那怎么办...

为什么要求过原点呢？
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10楼2014-07-12 12:27:23
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