应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 蛋白质CTER中两个氧原子异常接近
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 685  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

我爱问路

新虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质CTER中两个氧原子异常接近 已有1人参与

手动在蛋白质的C端加了一个CTER，但是在跑分子动力学的时候CTER中的两个氧原子会靠的非常近（0.271埃），进程会因为这一段上的某些原子无法束缚而报错终止。错误信息如下：
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 24416!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.

我所用的CTER如下：
PRES CTER -1.00 ! standard C-terminus
GROUP ! use in generate statement
ATOM C CC 0.34 ! OT2(-)
ATOM OT1 OC -0.67 ! /
ATOM OT2 OC -0.67 ! -C
DELETE ATOM O ! \\
BOND C OT2 ! OT1
DOUBLE C OT1
IMPR C CA OT2 OT1
ACCEPTOR OT1 C
ACCEPTOR OT2 C
IC N CA C OT2 0.0000 0.0000 180.0000 0.0000 0.0000
IC OT2 CA *C OT1 0.0000 0.0000 180.0000 0.0000 0.0000
其中OC 在VDW中的参数如下：
OC 0.000000 -0.120000 1.700000 ! ALLOW POL ION
                ! JG 8/27/89

不知道大家有没有遇到类似的问题，如何解决？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2014-07-06 11:31:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
我爱问路(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-07-08 16:32:37
我爱问路: 金币+1, ★★★★★最佳答案, 感谢您的解答，确实是角度问题，现已解决，多谢！！！ 2014-07-27 01:08:44
charmm 力场  默认给出COO与PERS CTER的参数是一样的，

这和电量有吗关系，它们是angle关系，又不计算它们之间的coul 作用
赞一下(1人) 回复此楼
戒微博
4楼2014-07-07 00:16:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
我爱问路(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导！ 2014-07-08 16:32:31
干吗要手动添加COO？
程序自动会添加。
EM不充分，跑动力学约束失败。
赞一下 回复此楼
戒微博
2楼2014-07-06 15:44:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我爱问路

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qianxiong at 2014-07-06 15:44:32
干吗要手动添加COO？
程序自动会添加。
EM不充分，跑动力学约束失败。

你好，感谢你的回复。
我的系统分为两部分，一部分是蛋白，另一部分是一种生物大分子。对于蛋白是需要加COO的，但对于生物大分子则不需要。
所以，我把原来程序中的默认加CTER和NTER的语句注释掉了，手动给每个蛋白的两端加CTER和NTER。但是效果和程序自动添加是一样的。如果程序默认添加的话生物大分子也会被加上CTER和NTER。

请问常用的默认CTER和我上面给出的是一样的吗？有没有替代的方法？
现在是在优化的过程中就会出现两个氧原子靠的太近的情况，我在尝试改CTER中原子的电荷量，不知道是否可行。
赞一下 回复此楼
3楼2014-07-06 19:11:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料调剂 +4 一样YWY 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:25 by 197024
[考研] 282求调剂 不挑专业 求收留 +6 Yam. 2026-03-30 7/350 2026-04-03 12:27 by yu221
[考研] 334求调剂 +6 曾仰之 2026-04-03 6/300 2026-04-03 12:07 by wxiongid
[考研] 生物学硕341求调剂 +4 你笑起来像云朵 2026-04-03 4/200 2026-04-03 10:32 by macy2011
[考研] 320求调剂 +4 振—TZ 2026-04-02 4/200 2026-04-03 09:56 by 何曾几何
[考研] 330分求调剂 +15 qzenlc 2026-03-29 15/750 2026-04-02 21:41 by 百灵童888
[考研] 初试301，代码085701环境工程，本硕一致，四六级已过，有二区一作，共发表5篇论文 +6 axibli 2026-04-01 6/300 2026-04-02 13:42 by Ecowxq666！
[考研] 材料工程322分 +8 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 8/400 2026-04-02 11:53 by 3041
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +8 cs0106 2026-04-01 9/450 2026-04-02 10:36 by 不吃魚的貓
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分 +11 @taotao 2026-03-29 11/550 2026-04-02 10:04 by realme321
[考研] 【求调剂】新能源材料本科，一志愿211，初试321 +6 求调剂学校， 2026-04-02 6/300 2026-04-02 09:41 by 晴空210210
[考研] 265求调剂 +11 yelck 2026-04-01 12/600 2026-04-01 19:12 by 549790059
[考研] 283求调剂 +9 A child 2026-03-28 9/450 2026-04-01 14:20 by Jaylen.
[考研] 318求调剂 +8 七忆77 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:37 by Jaylen.
[考研] 311（085601）求调剂 +12 liziyeyeye 2026-03-28 13/650 2026-04-01 00:34 by fmesaito
[考博] 材料专业申博 +5 杜雨婷dyt 2026-03-29 5/250 2026-03-31 11:19 by oooqiao
[考研] 276求调剂 +3 赵久华 2026-03-29 3/150 2026-03-31 10:06 by cal0306
[有机交流] 甲基亚磺磺酸钠和甲基磺酸酯反应机理 10+3 kaobao456 2026-03-29 4/200 2026-03-30 23:16 by nBu锂
[考研] 调剂 +4 GK72 2026-03-30 4/200 2026-03-30 20:32 by dick_runner
[考研] 085602 化学工程专硕 340分求调剂 +4 qianbai11 2026-03-29 4/200 2026-03-30 11:34 by 唐沐儿
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭