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蛋白质CTER中两个氧原子异常接近 已有1人参与
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手动在蛋白质的C端加了一个CTER，但是在跑分子动力学的时候CTER中的两个氧原子会靠的非常近（0.271埃），进程会因为这一段上的某些原子无法束缚而报错终止。错误信息如下： ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 24416! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. 我所用的CTER如下： PRES CTER -1.00 ! standard C-terminus GROUP ! use in generate statement ATOM C CC 0.34 ! OT2(-) ATOM OT1 OC -0.67 ! / ATOM OT2 OC -0.67 ! -C DELETE ATOM O ! \\ BOND C OT2 ! OT1 DOUBLE C OT1 IMPR C CA OT2 OT1 ACCEPTOR OT1 C ACCEPTOR OT2 C IC N CA C OT2 0.0000 0.0000 180.0000 0.0000 0.0000 IC OT2 CA *C OT1 0.0000 0.0000 180.0000 0.0000 0.0000 其中OC 在VDW中的参数如下： OC 0.000000 -0.120000 1.700000 ! ALLOW POL ION ! JG 8/27/89 不知道大家有没有遇到类似的问题，如何解决？ |
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