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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 蛋白质CTER中两个氧原子异常接近
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我爱问路

新虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质CTER中两个氧原子异常接近 已有1人参与

手动在蛋白质的C端加了一个CTER，但是在跑分子动力学的时候CTER中的两个氧原子会靠的非常近（0.271埃），进程会因为这一段上的某些原子无法束缚而报错终止。错误信息如下：
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 24416!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.

我所用的CTER如下：
PRES CTER -1.00 ! standard C-terminus
GROUP ! use in generate statement
ATOM C CC 0.34 ! OT2(-)
ATOM OT1 OC -0.67 ! /
ATOM OT2 OC -0.67 ! -C
DELETE ATOM O ! \\
BOND C OT2 ! OT1
DOUBLE C OT1
IMPR C CA OT2 OT1
ACCEPTOR OT1 C
ACCEPTOR OT2 C
IC N CA C OT2 0.0000 0.0000 180.0000 0.0000 0.0000
IC OT2 CA *C OT1 0.0000 0.0000 180.0000 0.0000 0.0000
其中OC 在VDW中的参数如下：
OC 0.000000 -0.120000 1.700000 ! ALLOW POL ION
                ! JG 8/27/89

不知道大家有没有遇到类似的问题，如何解决？
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1楼 2014-07-06 11:31:33
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
我爱问路(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导！ 2014-07-08 16:32:31
干吗要手动添加COO？
程序自动会添加。
EM不充分，跑动力学约束失败。
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戒微博
2楼2014-07-06 15:44:32
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我爱问路

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qianxiong at 2014-07-06 15:44:32
干吗要手动添加COO？
程序自动会添加。
EM不充分，跑动力学约束失败。

你好，感谢你的回复。
我的系统分为两部分，一部分是蛋白，另一部分是一种生物大分子。对于蛋白是需要加COO的，但对于生物大分子则不需要。
所以，我把原来程序中的默认加CTER和NTER的语句注释掉了，手动给每个蛋白的两端加CTER和NTER。但是效果和程序自动添加是一样的。如果程序默认添加的话生物大分子也会被加上CTER和NTER。

请问常用的默认CTER和我上面给出的是一样的吗？有没有替代的方法？
现在是在优化的过程中就会出现两个氧原子靠的太近的情况，我在尝试改CTER中原子的电荷量，不知道是否可行。
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3楼2014-07-06 19:11:43
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
我爱问路(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-07-08 16:32:37
我爱问路: 金币+1, ★★★★★最佳答案, 感谢您的解答，确实是角度问题，现已解决，多谢！！！ 2014-07-27 01:08:44
charmm 力场  默认给出COO与PERS CTER的参数是一样的，

这和电量有吗关系，它们是angle关系，又不计算它们之间的coul 作用
赞一下(1人) 回复此楼
戒微博
4楼2014-07-07 00:16:05
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