| 查看: 682 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
蛋白质CTER中两个氧原子异常接近 已有1人参与
|
||
|
手动在蛋白质的C端加了一个CTER，但是在跑分子动力学的时候CTER中的两个氧原子会靠的非常近（0.271埃），进程会因为这一段上的某些原子无法束缚而报错终止。错误信息如下： ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 24416! ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable. 我所用的CTER如下： PRES CTER -1.00 ! standard C-terminus GROUP ! use in generate statement ATOM C CC 0.34 ! OT2(-) ATOM OT1 OC -0.67 ! / ATOM OT2 OC -0.67 ! -C DELETE ATOM O ! \\ BOND C OT2 ! OT1 DOUBLE C OT1 IMPR C CA OT2 OT1 ACCEPTOR OT1 C ACCEPTOR OT2 C IC N CA C OT2 0.0000 0.0000 180.0000 0.0000 0.0000 IC OT2 CA *C OT1 0.0000 0.0000 180.0000 0.0000 0.0000 其中OC 在VDW中的参数如下： OC 0.000000 -0.120000 1.700000 ! ALLOW POL ION ! JG 8/27/89 不知道大家有没有遇到类似的问题，如何解决？ |
回复此楼» 猜你喜欢
求老师收留
已经有4人回复
-
一志愿郑州大学材料与化工085600，求调剂
已经有11人回复
-
专硕085601求调剂
已经有3人回复
-
重庆大学材料与化工085600，初试370+，求求调剂建议
已经有7人回复
-
286求调剂
已经有3人回复
-
260求调剂
已经有3人回复
-
326求调剂
已经有4人回复
-
调剂
已经有4人回复
-
285求调剂
已经有6人回复
-
材料与化工306分找调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
3楼2014-07-06 19:11:43
qianxiong
铜虫 (小有名气)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 1882.2
- 红花: 3
- 帖子: 75
- 在线: 110.5小时
- 虫号: 1641543
- 注册: 2012-02-25
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2014-07-06 15:44:32
qianxiong
铜虫 (小有名气)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 1882.2
- 红花: 3
- 帖子: 75
- 在线: 110.5小时
- 虫号: 1641543
- 注册: 2012-02-25
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2014-07-07 00:16:05
